8imk

;D3-D4, D1-D2, D'3-D'4, D'1-D'2 cylinder in cyanobacterial phycobilisome from Anthocerotibacter panamensis (Cluster C) ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 251.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8imk
沉积日期 deposition_date	2023-03-07
结构标题 title	;D3-D4, D1-D2, D'3-D'4, D'1-D'2 cylinder in cyanobacterial phycobilisome from Anthocerotibacter panamensis (Cluster C) ;
关键词 keywords	Complex, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	71.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	71.17 Å
零角强度 I(0) i0	12838000000.00
分子量 molecular_weight	977350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1228900 Å³
包络体积 envelope_volume	1711000 Å³
水化壳体积 shell_volume	189450 Å³
包络直径 envelope_diameter	236.6 Å
壳层 Rg shell_rg	78.89 Å
包络 Rg envelope_rg	69.86 Å
形状 Rg shape_rg	71.16 Å
总 Rg total_rg	71.31 Å
总原子数 total_atoms	68842
残基数 n_residues	8750
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	251.5 Å
Rg (实空间) rg_real	74.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2850e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5280e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	71.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12840000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9106
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	80.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.448
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.164
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1660
最高正则化参数 α highest_alpha	2260000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 0.875; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.703

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	ApcH
分子量 formula_weight	48790.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2
原子数 atom_count	68842

MQPIILRTLSARRPVQGRPNLETYTSEVERWKAIAQTQYALELAKEMSRPALRTSVGDLPGGLWGVRPGFQSPPKQRYRWTLKQSKAEKEALLEAIYRQVLERVLPEGSRLNEEESRLNNGDITVREFVRRLASSDLYVQSFLVRYPNTKLVEKLYKHLLGRAPSNQKEIIKYHDLLARKGLKAAVDAMVTTEEYTEIFGDDTVPFARYTTDPAHGLVTQAYLGGVLVNAKHTYQNRTLNFPSYGPGSQTGGEQRSLPLVPERVFSLGDGASVDQILRASYRQILEKEPQELQRLSVAESQLRNGEISVKEFIRALGYSEIYAKFFLARWYNGKVAEFNFKHFLGRQPASATELGSHITLIGTKGLKVAIDTLLASQEYQDNFGDDTVPYYRLQAERYVGTTDAPSRAYVLARSRVQTALNKPTVPSYSLV

Entity 2 polymer

描述 description	ApcA1
分子量 formula_weight	17292.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,N,O,P,Q,R,S,a,c,e,n,o,p,q,r,s

MSAITKAILNADAEARYLSPGEIDVVRGYLASGERRVRVARVLSDNALRIVRGAGDTMFQKRPDLVAPGGNAYGEVRTAKCLRDLDYFLRLVTYGVLAGDTSPIDEIGLIGIKETYSLLEVPVPGVIDGIKAAKQQAAALLSSEDAAEASFYFDYVISAMS

Entity 3 polymer

描述 description	ApcA2
分子量 formula_weight	17470.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,b,d,f

MSVVTKAIVSADAEARYLSPGELDRIRGFVSSGERRLRVAQTLTESRERIIKQAGDQLFQKRPDLVSPGGNAYGAERTASCLRDLDYYLRLVTFGIVAGDVTPIEEIGVIGVKEMYRNLEVPLPGMVEAVKAMKSVATGLLSGDDSAEVGYYFDYLAGALA

Entity 4 polymer

描述 description	ApcB1
分子量 formula_weight	17112.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,T,U,V,W,X,Y,g,h,i,t,u,v,w,x,y

MLDAVTKIINRTDAEGRYFASKDFDEVTRFFATGEARLRAASTISANAASILRESAAALFTEQPDLLRPGGNAYTSRRYAACVRDMEYFLRYATYALVAGDTSVIDERVLNGLKETYMSLGVPIPSTVAGVTAMKGVVASMIGSEANVYFDHIAKGLS

Entity 5 polymer

描述 description	ApcB2
分子量 formula_weight	17524.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L,j,k,l

MQDAITSVINTYDVQGKYFDTSAFDKLKAYYATGELRVRAAGTISANAATIIKEASAKLFSNQPDLVRPGGNAYTTRRYAACVRDMDYFLRYATYAMLAGDTSILDERVLNGLKETYNSLGVPISSTVQGIQAMKEVTGSLVGSGAAKEMGVYFDYLSSGLS

Entity 6 polymer

描述 description	ApcC1
分子量 formula_weight	6859.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,Z,m,z

MARTISITACVPRRTKSVGASREIQNVYFTKRISFDQFTPEYQRIHRQGGTILNVQCMGS

Entity 7 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.48 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1109579

fit	/app/data/saxs_computation/im/8imk/8imk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/im/8imk/8imk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/im/8imk/8imk.dat

;D3-D4, D1-D2, D'3-D'4, D'1-D'2 cylinder in cyanobacterial phycobilisome from Anthocerotibacter panamensis (Cluster C) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)