8ing

;Structure of the ternary complex of lactoperoxidase with substrate nitric oxide (NO) and product nitrite ion (NO2) at 1.98 A resolution ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ing
沉积日期 deposition_date	2023-03-09
结构标题 title	;Structure of the ternary complex of lactoperoxidase with substrate nitric oxide (NO) and product nitrite ion (NO2) at 1.98 A resolution ;
关键词 keywords	Lactoperoxidase (LPO), NO, NO2, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.70 Å
零角强度 I(0) i0	93690700.00
分子量 molecular_weight	71985.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87769 Å³
包络体积 envelope_volume	101540 Å³
水化壳体积 shell_volume	33906 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.4 Å
壳层 Rg shell_rg	32.45 Å
包络 Rg envelope_rg	24.04 Å
形状 Rg shape_rg	23.67 Å
总 Rg total_rg	24.60 Å
总原子数 total_atoms	4953
残基数 n_residues	594
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	93690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	33.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.165
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.364
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 0.985; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	Lactoperoxidase
分子量 formula_weight	67651.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5333

SWEVGCGAPVPLVKCDENSPYRTITGDCNNRRSPALGAANRALARWLPAEYEDGLAVPFGWTQRKTRNGFRVPLAREVSNKIVGYLDEEGVLDQNRSLLFMQWGQIVDHDLDFAPETELGSSEHSKVQCEEYCIQGDNCFPIMFPKNDPKLKTQGKCMPFFRAGFVCPTPPYQSLARDQINAVTSFLDASLVYGSEPSLASRLRNLSSPLGLMAVNQEAWDHGLAYPPFNNVKPSPCEFINTTAHVPCFQAGDSRASEQILLATVHTLLLREHNRLARELKRLNPHWDGEMLYQEARKILGAFIQIITFRDYLPIVLGSEMQKWIPPYQGYNNSVDPRISNVFTFAFRFGHMEVPSTVSRLDENYQPWGPEAELPLHTLFFNTWRIIKDGGIDPLVRGLLAKKSKLMNQNKMVTSELRNKLFQPTHKIHGFDLAAINLQRCRDHGMPGYNSWRGFCGLSQPKTLKGLQAVLKNKILAKKLLDLYKTPDNIDIWIGGNAEPMVERGRVGPLLACLLGRQFQQIRDGDRFWWENPGVFTEKQRDSLQKVSFSRLICDNTHVTKVPLHAFQANNYPHDFVDCSAVDKLDLSPWASREN

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	NITRIC OXIDE
分子量 formula_weight	30.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	NITRITE ION
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	THIOCYANATE ION
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 10 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	1-(OXIDOSULFANYL)METHANAMINE
分子量 formula_weight	79.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	366

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.052 Å
晶胞边长 b length_b	80.342 Å
晶胞边长 c length_c	76.121 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	35.329 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1829
R_free r_free	0.2335

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