8iog

Cryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 189.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8iog
沉积日期 deposition_date	2023-03-11
最后修订 last_revision	2024-04-17
结构标题 title	Cryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state
关键词 keywords	Complex, mitochondria, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.84 Å
零角强度 I(0) i0	3075720000.00
分子量 molecular_weight	474590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	597350 Å³
包络体积 envelope_volume	944840 Å³
水化壳体积 shell_volume	135300 Å³
包络直径 envelope_diameter	175.6 Å
壳层 Rg shell_rg	62.00 Å
包络 Rg envelope_rg	55.27 Å
形状 Rg shape_rg	56.84 Å
总 Rg total_rg	56.98 Å
总原子数 total_atoms	33413
残基数 n_residues	4181
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.2 Å
Rg (实空间) rg_real	57.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7590e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3077000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8222
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	70.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.217
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.564
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	447300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	42840.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	33413

MTNIRKSHPLMKIINNAFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGICLILQILTGLFLAMHYTSDTTTAFSSVTHICRDVNYGWVIRYLHANGASMFFICLFIHVGRGLYYGSYMFLETWNIGVVLLFTVMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTDLVEWIWGGFSVDKATLTRFFAFHFILPFIITALAAVHLLFLHETGSNNPTGISSDMDKIPFHPYYTIKDILGALFMMLILLILVLFSPDLLGDPDNYTPANPLNTPPHIKPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVLALVASILILILMPMLHTSKQRSMMFRPLSQCLFWMLVADLITLTWIGGQPVEHPFIIIGQLASILYFLIILVLMPITSIIENNLLKW

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	35488.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MSAAAAASLRGAVLGPRGAGLPGARARGLLCGPRPGQLPLRTPQALSLSSKSGLSRGRKVILSALGMLAAGGAGLAVALHSAVSATDLELHAPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLVGVCYTEEEAKALAEEVEVQDGPNEDGEMFMRPGKLSDYFPKPYPNPEAARAANNGALPPDLSYIVRARHGGEDYVFSLLTGYCEPPTGVSLREGLYFNPYFPGQAIAMAPPIYNEVLEFDDGTPATMSQVAKDVCTFLRWASEPEHDHRKRMGLKMLMMMGLLLPLVYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	21610.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

SHTDIRVPDFSDYRRAEVLDSTKSSKESSDARKGFSYLITATTTVGVAYAAKNAVSQFVSSMSASADVLAMSKIEIKLSDIPEGKNMAFKWRGKPLFVRHRTKKEIDQEAAVEVSQLRDPQHDLERVKKPEWVILIGVCTHLGCVPIANAGDFGGYYCPCHGSHYDASGRIRKGPAPLNLEVPTYEFTSDDLVIVG

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	52756.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MAASAVCRVAGTGSRVLLRTCRSPALLRSPALRGTATYAQALQSVPETQVSQLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWIDAGSRYENEKNNGAGYFVEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMGAHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLADIVQNCSLEDSQIEKERDVILQELQENDSSMRDVVFDYLHATAFQGTPLAQSVEGPSENVRKLSRADLTEYVSQHYKAPRMVLAAAGGVEHRQLLDLAQKHFSSLSGTYVEDAVPAFTPCRFTGSEIRHRDDALPLAHVAIAVEGPGWANPDNVPLQVANAIIGHYDSTYGGGTHMSSTLASVAATRKLCQSFQTFNICYAETGLLGAHFVCDNMSIDDMMFFLQGQWMRLCTSATESEVVRGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREVCSKYFYDQCPAVAGLGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	48264.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MKLITRAGSFSRFYSLKVAPKALASAAPAGVPLQPQDLEFTRLPNGLVIASLENYAPASRIGLFIKAGSRYEDSNNLGTSHLLRLASSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTSTRESMAYTVECLRDDIEILMEFLLNVTAAPEFRRWEVAALQSQLRIDKAVAFQNPQAQVLENLHAAAYRNALANSLYCPDYRIGKVTPDQLHYYVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAERFLNMRGGLGLSGAKAKYRGGEIRDQNGDSLVHAALVAESAATGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGSNATSSLYQAVAKGVHQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQAASAGDVIKSAYDQVKAIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSEGFLDEVGSQALVAGSYMQPSTVLQQIDSVADADVINAAKKFVSGRKSMAASGNLGHTPFVDEL

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6
分子量 formula_weight	10685.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MGLEDEQRMLTGSGDPKEEEEEEEELVDPLTTVREQCEQIEKCIKARERLELCDQRVSSRSQTEEDCTEELFDFLHARDHCVAHKLFNSLK

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	13587.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,g

MASRPAVAASSKWLEGIRKWYYNAAGFNKLGLMRDDTIYEDDDVKEAIRRLPENLYNDRVFRIKRALDLTMRQQILPKEQWTKYEEDKFYLEPYLKEVIRERKEREEWAKK

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8
分子量 formula_weight	9784.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MGREFGHLTRMRHVITYSLSPFEQRAFPHYFTKGIPNVLRRTRACILRVAPPFVVFYLVYTWGTQEFEKSKRKNPAAYENDK

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 9 polymer

描述 description	Complex III subunit 9
分子量 formula_weight	7412.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MAAPTLTARLYSLLFRRTSTFALTIAVGALFFERAFDQGADAIYEHINQGKLWKHIKHKYENKE

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 10
分子量 formula_weight	6560.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MLSRFLGPRYRELARNWIPTASMWGAVGAVGLVWATDWRLILDWVPYINGKFKKED

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 11 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	7900.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

MLSVASRSGPFAPVLSATSRGVAGALRPLVQAALPATSESPVLDAKRSFLCRESLSGQAAGRPLVASVGLNVPASVRY

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 12 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 13 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 14 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 15 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.88 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	98300

fit	/app/data/saxs_computation/io/8iog/8iog.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/8iog/8iog.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/8iog/8iog.dat

Cryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)