8ip0

Cryo-EM structure of type I-B Cascade bound to a PAM-containing dsDNA target at 3.6 angstrom resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 199.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ip0
沉积日期 deposition_date	2023-03-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of type I-B Cascade bound to a PAM-containing dsDNA target at 3.6 angstrom resolution
关键词 keywords	Type I-B, CRISPR-Cas, Cascade, RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA, RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.49 Å
零角强度 I(0) i0	2248490000.00
分子量 molecular_weight	377650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	463980 Å³
包络体积 envelope_volume	692560 Å³
水化壳体积 shell_volume	102610 Å³
包络直径 envelope_diameter	215.5 Å
壳层 Rg shell_rg	57.74 Å
包络 Rg envelope_rg	56.64 Å
形状 Rg shape_rg	57.49 Å
总 Rg total_rg	57.52 Å
总原子数 total_atoms	26526
残基数 n_residues	3140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	199.3 Å
Rg (实空间) rg_real	57.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2246000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7816
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	56.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.535
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.232
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	406600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.741; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.938; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Type I-MYXAN CRISPR-associated protein Cmx8
分子量 formula_weight	63703.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J
原子数 atom_count	26526

MPKTQAEILTLDFNLAELPSAQHRAGLAGLILMIRELKKWPWFKIRQKEKDVLLSIENLDQYGASIQLNLEGLIALFDLAYLSFTEERKSKSKIKDFKRVDEIEIEENGKNKIQKYYFYDVITPQGGFLAGWDKSDGQIWLRIWRDMFWSIIKGVPATRNPFNNRCGLNLNAGDSFSKDVESVWKSLQNAEKTTGQSGAFYLGAMAVNAENVSTDDLIKWQFLLHFWAFVAQVYCPYILDKDGKRNFNGYVIVIPDIANLEDFCDILPDVLSNRNSKAFGFRPQESVIDVPEQGALELLNLIKQRIAKKAGSGLLSDLIVGVEVIHAEKQGNSIKLHSVSYLQPNEESVDDYNAIKNSYYCPWFRRQLLLNLVNPKFDLASQSWLKRHPWYGFGDLLSRIPQRWLKENNSYFSHDARQLFTQKGDFDMTVATTKTREYAEIVYKIAQGFVLSKLSSKHDLQWSKCKGNPKLEREYNDKKEKVVNEAFLAIRSRTEKQAFIDYFVSTLYPHVRQDEFVDFAQKLFQDTDEIRSLTLLALSSQYPIKRQGETE

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6714
通用名 common_name	Aphanocapsa sp. (strain PCC 6714)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1147
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	Type I-MYXAN CRISPR-associated protein Cas5/Cmx5/DevS
分子量 formula_weight	26592.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MAQLALALDTVTRYLRLKAPFAAFRPFQSGSFRSTTPVPSFSAVYGLLLNLAGIEQRQEVEGKVTLIKPKAELPKLAIAIGQVKPSSTSLINQQLHNYPVGNSGKEFASRTFGSKYWIAPVRREVLVNLDLIIGLQSPVEFWQKLDQGLKGETVINRYGLPFAGDNNFLFDEIYPIEKPDLASWYCPLEPDTRPNQGACRLTLWIDRENNTQTTIKVFSPSDFRLEPPAKAWQQLPG

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6714
通用名 common_name	Aphanocapsa sp. (strain PCC 6714)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1147
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 polymer

描述 description	Fruiting body developmental protein R-like protein
分子量 formula_weight	33789.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,N,O,H,I

MSNLNLFATILTYPAPASNYRGESEENRSVIQKILKDGQKYAIISPESMRNALREMLIELGQPNNRTRLHSEDQLAVEFKEYPNPDKFADDFLFGYMVAQTNDAKEMKKLNRPAKRDSIFRCNMAVAVNPYKYDTVFYQSPLNAGDSAWKNSTSSALLHREVTHTAFQYPFALAGKDCAAKPEWVKALLQAIAELNGVAGGHARAYYEFAPRSVVARLTPKLVAGYQTYGFDAEGNWLELSRLTATDSDNLDLPANEFWLGGELVRKMDQEQKAQLEAMGAHLYANPEKLFADLADSFLGV

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6714
通用名 common_name	Aphanocapsa sp. (strain PCC 6714)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1147
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPCPCPAPTPGPTPTPTPAPTPCPAPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4494.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TCCATGTTTATCACC

Entity 5 polymer

描述 description	RNA (44-MER)
分子量 formula_weight	13975.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AGAGCACUUUUAUCACCGUGUCCCCAAUCUGGAUAUUUUGUGUG

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (41-MER)
分子量 formula_weight	12725.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

ACACAAAATATCCAGATTGGGGACACGGTGATAAACATGGA

Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3087.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

AAAAAAAAAA

Entity 8 polymer

描述 description	CRISPR associated protein Cas11b
分子量 formula_weight	14538.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M

MTVATTKTREYAEIVYKIAQGFVLSKLSSKHDLQWSKCKGNPKLEREYNDKKEKVVNEAFLAIRSRTEKQAFIDYFVSTLYPHVRQDEFVDFAQKLFQDTDEIRSLTLLALSSQYPIKRQGETE

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6714
通用名 common_name	Aphanocapsa sp. (strain PCC 6714)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1147
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	92454

fit	/app/data/saxs_computation/ip/8ip0/8ip0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ip/8ip0/8ip0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ip/8ip0/8ip0.dat

Cryo-EM structure of type I-B Cascade bound to a PAM-containing dsDNA target at 3.6 angstrom resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)