8ipj

Crystal structure of the Legionella effector protein MavL with ADPR-Ub

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ipj
沉积日期 deposition_date	2023-03-14
结构标题 title	Crystal structure of the Legionella effector protein MavL with ADPR-Ub
关键词 keywords	MavL, ADPR-Ub, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.30 Å
零角强度 I(0) i0	40124600.00
分子量 molecular_weight	48987.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61305 Å³
包络体积 envelope_volume	70206 Å³
水化壳体积 shell_volume	26589 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.1 Å
壳层 Rg shell_rg	29.08 Å
包络 Rg envelope_rg	21.78 Å
形状 Rg shape_rg	21.27 Å
总 Rg total_rg	22.33 Å
总原子数 total_atoms	3451
残基数 n_residues	435
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8940
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.191
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.380
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	10920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	MavL
分子量 formula_weight	40481.6 kDa
突变 mutation	D315A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3890

MAYQLLLSKETLNKILQYKQNLEKGLATPGKFFLEELSKQEKSISEMDITTFTQLLIQSKKPQVFAESQVYHDGTDWTLEEESILGDVSVNMPVTMYNDGGHGSSFKNHPKPISGYLAYVPGALLASGSGPTSDMKEVLDNGKLNQDKLNALYERRLLPQLIHFNELARQNEKQAAITIPGIGTGCFSGAYYDVIKPYVRNALIHILEKHKDSLPYIDIIHYDPYMGDEPAEKKIGHMSFRVSPSGVVRGTTGQLDYPLGSNPDTHILVSIVAWAHFSWPGNDYWGGARQTDDGVKAASTDTMGQVTGATGVYDKKWGRYMPPESFTKDRKGMSDWGDYVRENGIVFNGPVLALDKSGKLDTLE

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8336.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	439

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.958 Å
晶胞边长 b length_b	68.185 Å
晶胞边长 c length_c	85.556 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.003 Å
最低分辨率 resolution_low	46.645 Å
R 因子 r_factor	0.1865
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2222

fit	/app/data/saxs_computation/ip/8ipj/8ipj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ip/8ipj/8ipj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ip/8ipj/8ipj.dat

Crystal structure of the Legionella effector protein MavL with ADPR-Ub

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)