8iwh

;Structure and characteristics of a photosystem II supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII antennae from the diatom Thalassiosira pseudonana ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 227.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8iwh
沉积日期 deposition_date	2023-03-30
结构标题 title	;Structure and characteristics of a photosystem II supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII antennae from the diatom Thalassiosira pseudonana ;
关键词 keywords	PSII supercomplex, LHCX, FCP, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	73.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	73.80 Å
零角强度 I(0) i0	10619700000.00
分子量 molecular_weight	1062100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1397100 Å³
包络体积 envelope_volume	1912600 Å³
水化壳体积 shell_volume	209320 Å³
包络直径 envelope_diameter	269.5 Å
壳层 Rg shell_rg	76.28 Å
包络 Rg envelope_rg	74.52 Å
形状 Rg shape_rg	73.89 Å
总 Rg total_rg	73.43 Å
总原子数 total_atoms	75511
残基数 n_residues	7591
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	227.1 Å
Rg (实空间) rg_real	72.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0550e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1460e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10610000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8510
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	75.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.436
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.141
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1714
最高正则化参数 α highest_alpha	2188000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.310

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (48)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	36982.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	75511

VSLWERFCAWITSTENRLYIGWFGCLMFPTLLTATSCFIIAFIAAPPVDIDGIREPVAGSLLYGNNIISGAVIPSSNAIGMHFYPIWEAASVDEWLYNGGPYQLIVLHFLLGVASYMGREWELSYRLGMRPWIFVAFSAPVAAASAVFLVYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMLVFQAEHNILMHPFHMAGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETTENESTNYGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRALHFFLALWPVLGIWLTAMGISTMAFNLNGFNFNQSVVDSQGRVINTWADIINRADLGMEVMHERNAHNFPLDL

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56465.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MALPWYRVHTVVLNDPGRLISVHLMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLNPMWRQGMFVMPFMTRLGITDSWGGWSITGESVSNPGLWSFEGVALSHIVLSGMCFLAAIWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKIFGIHLLLSGLLCFGFGAFHVTGLFGPGIWVSDAYGITGKVQPVAPSWGADGFNPFNPGGIAAHHIAAGIFGIFAGIFHLTVRPPQRLYRALRMGNIETVLSSSISAVFWAAFVTSGTMWYGAAATPIELFGPTRYQWDSGYFQQEIERQVESSVTEGLSESQAWSRIPDKLAFYDYIGNNPAKGGLFRSGPMDKGDGIAEAWLGHPIFRDKDGRELTVRRMPAFFETFPVILVDKDGIIRADIPFRRAESKYSIEQVGVTVDFYGGKLNGQTFKDAPTVKKFARKAQLGEVFEFDRTSLESDGVFRSSPRGWYTFGHANFALLFFLGHLWHGGRTIFRDVFTGIGAEVTEQVEFGAFQKLGDKTTKKQGAV

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	51776.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MKTLYSLRRYYHVETPFNSSIAGRDIESTGFAWWSGNARLINVSGKLLGAHVAHAGLMVFWAGAMILFEVSHFVPEKPLYEQGFICMQHLATLGYGIGPGGEITSTVPYFAVGVIHLISSAVLGFGGIYHSLLGPDTLEESFPFFGYDWRDKNKMTTILGIHLCLLGLGALLLVAKAMYLGGVYDTWAPGGGDVRYITTPTLNPIVIFGYVFRSPFGGDGWVVSVNNMEDLVGGHIWVGILCIVGGVWHIFTKPFSWARRAFVWSGEAYLSYSLAAISLMGFTASLYAWYNNTAYPSELYGPTGPEASQSQAFTFLVRDQRLGANVSSAQGPTGLGKYLMRSPSGEIIFGGETMRFWDLRAPWVEPLRGPNGLDINKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNYVSPRSWLCCSHFFLGFFFLIGHWWHSGRARAAAAGFEKGINRANEPVLSMRPI

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39089.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MTIAIGQNQERGLFDLVDDWLKRDRFVFVGWSGILLFPTAYLAAGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSMGHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQIGGLWAFIALHGAFGLIGFCLRQFEIARLVGIRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLLYPLGQASWFFAPSFGVAAIFRFLLFLQGFHNWTLNPFHMMGVAGILGGALLCAIHGATVENTLFEDGDAANTFRAFTPTQSEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVAGLWTSSIGIVGLALNLRAYDFVSQELRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRSWMAAQDQPHENFVFPEEVLPRGNAL

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9521.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MSGGSTGERPFSDIITSVRYWIIHTITIPSLFVSGWLFISTGLAYDVFGTPRPNEYFTQDRQQVPLVNDRFSAKQELEDLTKGL

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4913.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MTKNINQPVAYPIFTFRWLAVHGLAIPTVFFLGGITAMQFIQR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein
分子量 formula_weight	18176.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,g

MKIIALCLVASAAAFAPAPVERASTSLNMDRRMATAQIATSAAVLAGLPSLALADGAKSAATQSRARGIYGQRIAALESAVNAGDFGAVAAEKNAFILFNSGAIADKSKKSEAVKQTNAIFAAIRAKDAGALKSAYATYKGANDIKVIVADKESGQGYSNDYDFKARTTLGTIYVR

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7391.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MALRTRLGEILRPLNAEYGKVVPGWGTTPIMGLTMVLFLVFLLIILQIYNSSLIIENVDVDWANAI

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	3940.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MLTLKILVYTTVIFFVSLFIFGFLSSDPSRNPNR

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	4045.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MVNTGRVPLWLVGLVGGFAVITIVSLFIYGSYSGLGSSL

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	4984.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

MESLLLARLPEAYVVFSPLVDVFPVIPVFFLLLAFVWQAAVGFR

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4367.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MTGPNPNKQAVELNRTSLYWGLLLIFVLAVLFSSYFFN

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center M protein, plastid
分子量 formula_weight	12051.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m

MKSFQIVTLFAMIAATMAFAPNKAPQVAQRFAESGFDMKKAAIAAIPAAIATPAFAMDSIVEALPTQTLSLEVQFGAYLAVLLGTFLPVLFLINLYIQTESRKAGRDGGIDSE

Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem II subunit, PsbN.
分子量 formula_weight	2571.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n,N

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Entity 15 polymer

描述 description	Oxygen-evolving enhancer protein 1
分子量 formula_weight	32168.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,o

MKLVAALSLVAGVSAFAPAQTNSRSTQLNAMKDDIAKVGAAALASAAIFGITAAPAQAITKSELNQLSYLQVKGTGLANRCSEVIGEDTITPKSGARLVDMCIEPKAWAVEEEIGKAGKTEKKFVNSKVMTRQTYTLEGIEGSLKTDGGKIVFTEEEGIDYAPTTVQLPGGERVPFLFTVKELVATGNGGAFKPGFQMGGDFSVPSYRTGLFLDPKGRGGVTGYDMAVALPGLQSGEEGDAELFKENNKTFEVGNGRIEMEVNKVNAEESEIGGVFVASQSGDTDMGSKVPKKILTKGIFYAKIQ

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3314.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,t

MEALVYTFLLIGTLMVIFFAVFFRDTPR

Entity 17 polymer

描述 description	PS II complex 12 kDa extrinsic protein
分子量 formula_weight	15486.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,u

MKLAVIAALVSSAAAFAPNAQPAAQTALNAESDRRSFLGAAAAFGAAALPLAANAVVDYENVALLGGSQTVDLNNANVRAYLRMPGMYPAAAGKIVTHGPYKSVADVYNIPGLTNAEKEVIKKYESRFTAKAVAPEYAIDRINNGLYR

Entity 18 polymer

描述 description	Cytochrome c-550
分子量 formula_weight	17713.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,v

MFKTYSKSFACILFCIFNIFVVSASAIDLDEATRTVVTDSSGNTTVLTPEQVKRGKRLFNATCGACHTGGITKTNPNVGLDPEALSLATPRRDNISALVDYLKNPTTYDGLESIAEIHPSIKSADIYPRMRSLTDEDLYSIAGHIMLQPKIVAEKWGGGKIY

Entity 19 polymer

描述 description	Photosystem II subunit, PsbW
分子量 formula_weight	6096.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,w

TEGTNEWFGVDDIRVLAVLFIGHYFILSLWLGQYGNATEDDDADFFGEIDYTGS

Entity 20 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center X protein
分子量 formula_weight	3933.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,x

MTTSLANFIASLTAGALVLSAIGIALIIISKNDRVQRS

Entity 21 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6417.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,z

MITALTALFVLVSLALVVTVPVALATPGEWETSKDQFNKIFQLWVGLVVAIATADGISTAI

Entity 22 polymer

描述 description	Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade
分子量 formula_weight	24101.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

WNEAPRALPFGSAPPTLDGSLVGDVGFDPIGFSTAPFASFNNPIYQEGNFMTDVQWLREAELTHGRIAQLAVVGFIWPALFGTFPGNENFGGADAYSYVNPLEAINHIPSLAIYQIVGGMAWVEYQRVQRIKEQGKDRISGDIGLAYPGGWNPFNINYSPEEYAEKQLQEIKHCRLAMLGAFGLFFQALNSGEDIVSQLSPAFAAPEYAAKAGYFLPQGI

Entity 23 polymer

描述 description	Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
分子量 formula_weight	21059.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MMKLAVFASLIAGSSAFAPAQVGRASTSVQAFENEIGVLPPTGFFDPAGLSDGISQEKFDSYRLAELKHGRAAMLAVLGYVAPETYRFGYDLIPGELSTNDIPNGVAAIKAIPFGGWAQMIAFVGCVETYGWFTSPTGVLDLPDDILAKRQTAELQHGRLAMLAFLELIRHDSQNLAQPGFDGLDNLITGLPFLYN

Entity 24 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6
分子量 formula_weight	20872.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

MYKSLLIASSIAAASAFAPVQVAKTTTSLNAFESEIGAQAPLGFWDPLGFLDRADQETFDRLRYVELKHGRIAQLAFVGNLITRAGYHLPGDISLGRAFADVPNGIAAINGPDAISTAALLQTLAFIGFLETRVMIDATGESQFRGDFRNGFDFGWDKQSPEWQTNKRAIELNQGRAAMMGILGLMMHEQVG

Entity 25 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
分子量 formula_weight	21402.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

MYKSLLIASSIAAASAFAPAPVAKSTTAINAFENELGAQPPLGFFDPLGMLDEAGQARFDRLRYVELKHGRICQLAFLGNIITRAGIHLPGAISLDGTKFSDIGNGWAGSFEVPKDGALQILFFVGFLELFVMKDVTGEGEFVGDFRNGALDFGWDSFSEETKLQKRAIELNNGRAAMMGILGLMVHEQLGGELPIVGQ

Entity 26 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c protein-LI818 clade
分子量 formula_weight	21279.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7,0

MKLAIISTLIAGAAAFAPQTVGPSTSALSATRAGLVGALPPVGFFDPAGFAAKASPEELARYREVEIMHGRFAQMAVLGFIIPEKCAYDGAFGDDFLAPTGRALEAINTDPVWLALTLGVISALETLRLLQTEPGTRTDAKIEGLGWRPKSEAEFVNYQVRELQQGRLAMLAFAGEIAQELVNEKPLLVNLQDSGFVSW

Entity 27 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Ycf12
分子量 formula_weight	3591.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,y

MVNWQVIGQLVSTGAIMLLGPAIIILLALKKGNL

Entity 28 polymer

描述 description	Photosystem II subunit, PsbQ.
分子量 formula_weight	22439.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,q

MKIVLALVAASSVSAFAPQSNGRQSVAMQAENSRREALSTIAAATAAILPAAANAAAGESPRFSVFGVIGDGTSYSEGAAYGSDQSAETYSPYSVYGKVGSKDALFEAGNAGEIARKKGYIVESQKRLKNLPGYVEKKQWFNVKDELTRYMYETRGAVRGLAQTPEQKKLAKAFFQAIEEASLQATLKNGDKCAAASADSIKLLDQFYASL

Entity 29 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, major type
分子量 formula_weight	20786.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	9,2,8,1

MKSVIIASLACSAAAFAPAQVGRSSTAVQGFENEPGVIAPTGFFDPLGFTDDIDQEKFDQYRTAELKHGRVAQLAVIGYIVPEIFRWGFDIAPGVACADVPNGVAAIDAIPALGWAQIIFAIGAVDVRGWFGNFDIGKPDLKGKDEERALQELQHGRLAMLAILELLRHDSQNLVKPGFDGLDNLITGLPFLY

Entity 30 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 31 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 32 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 33 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	183

Entity 34 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 35 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 36 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 37 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 38 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 39 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

Entity 40 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 41 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 42 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 43 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 44 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c1
分子量 formula_weight	610.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 45 non-polymer

描述 description	;(3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate ;
分子量 formula_weight	658.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	29

Entity 46 non-polymer

描述 description	(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
分子量 formula_weight	582.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 47 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c2
分子量 formula_weight	608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 48 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	566.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.68 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	97098

fit	/app/data/saxs_computation/iw/8iwh/8iwh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iw/8iwh/8iwh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iw/8iwh/8iwh.dat

;Structure and characteristics of a photosystem II supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII antennae from the diatom Thalassiosira pseudonana ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (48)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

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