8iya

Complex of SETDB1-derived peptide bound to UBE2E1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8iya
沉积日期 deposition_date	2023-04-04
结构标题 title	Complex of SETDB1-derived peptide bound to UBE2E1
关键词 keywords	Ubiquitin, Recognition, Conjugation, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.03 Å
零角强度 I(0) i0	48774300.00
分子量 molecular_weight	55016.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69128 Å³
包络体积 envelope_volume	90055 Å³
水化壳体积 shell_volume	27518 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.8 Å
壳层 Rg shell_rg	34.27 Å
包络 Rg envelope_rg	27.80 Å
形状 Rg shape_rg	28.02 Å
总 Rg total_rg	28.73 Å
总原子数 total_atoms	3877
残基数 n_residues	491
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48780000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9097
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.126
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.626
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8401000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
分子量 formula_weight	19203.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23,2.3.2.24
突变 mutation	C67S, C122P, C153S, C159P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C
原子数 atom_count	3913

MHHHHHHHHLEVLFQGPNSKLLSTSAKRIQKELADITLDPPPNSSAGPKGDNIYEWRSTILGPPGSVYEGGVFFLDITFTPEYPFKPPKVTFRTRIYHPNINSQGVICLDILKDNWSPALTISKVLLSISSLLTDPNPADPLVGSIATQYMTNRAEHDRMARQWTKRYAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
分子量 formula_weight	686.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.366
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

CEGYES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.747 Å
晶胞边长 b length_b	50.077 Å
晶胞边长 c length_c	109.248 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.430 Å
最低分辨率 resolution_low	41.420 Å
R 因子 r_factor	0.2069
R_work r_work	0.2047
R_free r_free	0.2472

fit	/app/data/saxs_computation/iy/8iya/8iya.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iy/8iya/8iya.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iy/8iya/8iya.dat

Complex of SETDB1-derived peptide bound to UBE2E1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)