8j0d

FCP heterodimer, Lhca2, and Lhcf5 together as the M1 side binds to the PSII core in the diatom Thalassiosira pseudonana

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 129.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j0d
沉积日期 deposition_date	2023-04-10
结构标题 title	FCP heterodimer, Lhca2, and Lhcf5 together as the M1 side binds to the PSII core in the diatom Thalassiosira pseudonana
关键词 keywords	FCP, heterodimer, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.54 Å
零角强度 I(0) i0	148267000.00
分子量 molecular_weight	127350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	170790 Å³
包络体积 envelope_volume	216850 Å³
水化壳体积 shell_volume	52659 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.23 Å
包络 Rg envelope_rg	33.54 Å
形状 Rg shape_rg	33.55 Å
总 Rg total_rg	34.26 Å
总原子数 total_atoms	9105
残基数 n_residues	711
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	148300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7542
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	45.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.136
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.163
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.600; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade
分子量 formula_weight	24101.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3
原子数 atom_count	9105

WNEAPRALPFGSAPPTLDGSLVGDVGFDPIGFSTAPFASFNNPIYQEGNFMTDVQWLREAELTHGRIAQLAVVGFIWPALFGTFPGNENFGGADAYSYVNPLEAINHIPSLAIYQIVGGMAWVEYQRVQRIKEQGKDRISGDIGLAYPGGWNPFNINYSPEEYAEKQLQEIKHCRLAMLGAFGLFFQALNSGEDIVSQLSPAFAAPEYAAKAGYFLPQGI

Entity 2 polymer

描述 description	Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
分子量 formula_weight	17745.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

ENEIGVLPPTGFFDPAGLSDGISQEKFDSYRLAELKHGRAAMLAVLGYVAPETYRFGYDLIPGELSTNDIPNGVAAIKAIPFGGWAQMIAFVGCVETYGWFTSPTGVLDLPDDILAKRQTAELQHGRLAMLAFLELIRHDSQNLAQPGFDGLDNLITGLPFLY

Entity 3 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6
分子量 formula_weight	17614.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

ESEIGAQAPLGFWDPLGFLDRADQETFDRLRYVELKHGRIAQLAFVGNLITRAGYHLPGDISLGRAFADVPNGIAAINGPDAISTAALLQTLAFIGFLETRVMIDATGESQFRGDFRNGFDFGWDKQSPEWQTNKRAIELNQGRAAMMGILGLMMHEQVG

Entity 4 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
分子量 formula_weight	18381.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

FENELGAQPPLGFFDPLGMLDEAGQARFDRLRYVELKHGRICQLAFLGNIITRAGIHLPGAISLDGTKFSDIGNGWAGSFEVPKDGALQILFFVGFLELFVMKDVTGEGEFVGDFRNGALDFGWDSFSEETKLQKRAIELNNGRAAMMGILGLMVHEQLGGELPIVGQ

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	39

Entity 6 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c1
分子量 formula_weight	610.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	;(3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate ;
分子量 formula_weight	658.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 8 non-polymer

描述 description	(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
分子量 formula_weight	582.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 11 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c2
分子量 formula_weight	608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 13 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	97098

fit	/app/data/saxs_computation/j0/8j0d/8j0d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j0/8j0d/8j0d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j0/8j0d/8j0d.dat

FCP heterodimer, Lhca2, and Lhcf5 together as the M1 side binds to the PSII core in the diatom Thalassiosira pseudonana

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)