8j0t

Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase in the apo-form

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 208.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j0t
沉积日期 deposition_date	2023-04-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase in the apo-form
关键词 keywords	ATP synthase, Mycobacterium tuberculosis, cryo-EM, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.21 Å
零角强度 I(0) i0	3875400000.00
分子量 molecular_weight	528610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	663820 Å³
包络体积 envelope_volume	931620 Å³
水化壳体积 shell_volume	125600 Å³
包络直径 envelope_diameter	239.3 Å
壳层 Rg shell_rg	61.58 Å
包络 Rg envelope_rg	64.57 Å
形状 Rg shape_rg	65.21 Å
总 Rg total_rg	65.13 Å
总原子数 total_atoms	37208
残基数 n_residues	4893
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	208.0 Å
Rg (实空间) rg_real	63.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3864000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7929
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.667
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.116
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0104
最高正则化参数 α highest_alpha	454300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.679; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.269

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	59358.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	37208

MAELTIPADDIQSAIEEYVSSFTADTSREEVGTVVDAGDGIAHVEGLPSVMTQELLEFPGGILGVALNLDEHSVGAVILGDFENIEEGQQVKRTGEVLSVPVGDGFLGRVVNPLGQPIDGRGDVDSDTRRALELQAPSVVHRQGVKEPLQTGIKAIDAMTPIGRGQRQLIIGDRKTGKTAVCVDTILNQRQNWESGDPKKQVRCVYVAIGQKGTTIAAVRRTLEEGGAMDYTTIVAAAASESAGFKWLAPYTGSAIAQHWMYEGKHVLIIFDDLTKQAEAYRAISLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERCAKLSDDLGGGSLTGLPIIETKANDISAYIPTNVISITDGQCFLETDLFNQGVRPAINVGVSVSRVGGAAQIKAMKEVAGSLRLDLSQYRELEAFAAFASDLDAASKAQLERGARLVELLKQPQSQPMPVEEQVVSIFLGTGGHLDSVPVEDVRRFETELLDHMRASEEEILTEIRDSQKLTEEAADKLTEVIKNFKKGFAATGGGSVVPDEHVEALDEDKLAKEAVKVKKPAPKKKK

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	53150.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MTTTAEKTDRPGKPGSSDTSGRVVRVTGPVVDVEFPRGSIPELFNALHAEITFESLAKTLTLEVAQHLGDNLVRTISLQPTDGLVRGVEVIDTGRSISVPVGEGVKGHVFNALGDCLDEPGYGEKFEHWSIHRKPPAFEELEPRTEMLETGLKVVDLLTPYVRGGKIALFGGAGVGKTVLIQEMINRIARNFGGTSVFAGVGERTREGNDLWVELAEANVLKDTALVFGQMDEPPGTRMRVALSALTMAEWFRDEQGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSTLLGRMPSAVGYQPTLADEMGELQERITSTRGRSITSMQAVYVPADDYTDPAPATTFAHLDATTELSRAVFSKGIFPAVDPLASSSTILDPSVVGDEHYRVAQEVIRILQRYKDLQDIIAILGIDELSEEDKQLVNRARRIERFLSQNMMAAEQFTGQPGSTVPVKETIEAFDRLCKGDFDHVPEQAFFLIGGLDDLAKKAESLGAKL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase gamma chain
分子量 formula_weight	33929.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAATLRELRGRIRSAGSIKKITKAQELIATSRIARAQARLESARPYAFEITRMLTTLAAEAALDHPLLVERPEPKRAGVLVVSSDRGLCGAYNANIFRRSEELFSLLREAGKQPVLYVVGRKAQNYYSFRNWNITESWMGFSEQPTYENAAEIASTLVDAFLLGTDNGEDQRSDSGEGVDELHIVYTEFKSMLSQSAEAHRIAPMVVEYVEEDIGPRTLYSFEPDATMLFESLLPRYLTTRVYAALLESAASELASRQRAMKSATDNADDLIKALTLMANRERQAQITQEISEIVGGANALAEAR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase epsilon chain
分子量 formula_weight	13149.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAELNVEIVAVDRNIWSGTAKFLFTRTTVGEIGILPRHIPLVAQLVDDAMVRVEREGEKDLRIAVDGGFLSVTEEGVSILAESAEFESEIDEAAAKQDSESDDPRIAARGRARLRAVGAID

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase subunit c
分子量 formula_weight	8058.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4,5,6,7,8,9

MDPTIAAGALIGGGLIMAGGAIGAGIGDGVAGNALISGVARQPEAQGRLFTPFFITVGLVEAAYFINLAFMALFVFATPVK

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase subunit a
分子量 formula_weight	27488.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MTETILAAQIEVGEHHTATWLGMTVNTDTVLSTAIAGLIVIALAFYLRAKVTSTDVPGGVQLFFEAITIQMRNQVESAIGMRIAPFVLPLAVTIFVFILISNWLAVLPVQYTDKHGHTTELLKSAAADINYVLALALFVFVCYHTAGIWRRGIVGHPIKLLKGHVTLLAPINLVEEVAKPISLSLRLFGNIFAGGILVALIALFPPYIMWAPNAIWKAFDLFVGAIQAFIFALLTILYFSQAMELEEEHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 7 polymer

描述 description	ATP synthase subunit b
分子量 formula_weight	18345.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MGEVSAIVLAASQAAEEGGESSNFLIPNGTFFVVLAIFLVVLAVIGTFVVPPILKVLRERDAMVAKTLADNKKSDEQFAAAQADYDEAMTEARVQASSLRDNARADGRKVIEDARVRAEQQVASTLQTAHEQLKRERDAVELDLRAHVGTMSATLASRILGVDLTASAATR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 8 polymer

描述 description	Multifunctional fusion protein
分子量 formula_weight	48866.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MSTFIGQLFGFAVIVYLVWRFIVPLVGRLMSARQDTVRQQLADAAAAADRLAEASQAHTKALEDAKSEAHRVVEEARTDAERIAEQLEAQADVEAERIKMQGARQVDLIRAQLTRQLRLELGHESVRQARELVRNHVADQAQQSATVDRFLDQLDAMAPATADVDYPLLAKMRSASRRALTSLVDWFGTMAQDLDHQGLTTLAGELVSVARLLDREAVVTRYLTVPAEDATPRIRLIERLVSGKVGAPTLEVLRTAVSKRWSANSDLIDAIEHVSRQALLELAERAGQVDEVEDQLFRFSRILDVQPRLAILLGDCAVPAEGRVRLLRKVLERADSTVNPVVVALLSHTVELLRGQAVEEAVLFLAEVAVARRGEIVAQVGAAAELSDAQRTRLTEVLSRIYGHPVTVQLHIDAALLGGLSIAVGDEVIDGTLSSRLAAAEARLPD

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 11 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	66593

fit	/app/data/saxs_computation/j0/8j0t/8j0t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j0/8j0t/8j0t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j0/8j0t/8j0t.dat

Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase in the apo-form

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)