SAXSdb — 8j18

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j18
沉积日期 deposition_date	2023-04-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of the 3-OH-C12-bound GPR84 receptor-Gi complex
关键词 keywords	GPCR, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.56 Å
零角强度 I(0) i0	236319000.00
分子量 molecular_weight	126050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	158510 Å³
包络体积 envelope_volume	202840 Å³
水化壳体积 shell_volume	47437 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.53 Å
包络 Rg envelope_rg	36.40 Å
形状 Rg shape_rg	36.55 Å
总 Rg total_rg	36.94 Å
总原子数 total_atoms	8860
残基数 n_residues	1137
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	236300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9003
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.185
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.606
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子量 formula_weight	40414.0 kDa
突变 mutation	S47N, G203A, E245A, A326S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8860

MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKNTIVKQMKIIHEAGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRIAQPNYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGAQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEEMNRMHASMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEYAGSNTYEEAAAYIQCQFEDLNKRKDTKEIYTHFTCSTDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	38146.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSLLQSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWNGSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7861.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	G-protein coupled receptor 84
分子量 formula_weight	45134.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

HHHHHHHHHHMWNSSDANFSCYHESVLGYRYVAVSWGVVVAVTGTVGNVLTLLALAIQPKLRTRFNLLIANLTLADLLYCTLLQPFSVDTYLHLHWRTGATFCRVFGLLLFASNSVSILTLCLIALGRYLLIAHPKLFPQVFSAKGIVLALVSTWVVGVASFAPLWPIYILVPVVCTCSFDRIRGRPYTTILMGIYFVLGLSSVGIFYCLIHRQVKRAAQALDQYKLRQASIHSNHVARTDEAMPGRFQELDSRLASGGPSEGISSEPVSAATTQTLEGDSSEVGDQINSKRAKQMAEKSPPEASAKAQPIKGARRAPDSSSEFGKVTRMCFAVFLCFALSYIPFLLLNILDARVQAPRVVHMLAANLTWLNGCINPVLYAAMNRQFRQAYGSILKRGPRSFHRLH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 polymer

描述 description	Antibody fragment ScFv16
分子量 formula_weight	28813.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

DVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLELKGSLEVLFQGPAAAHHHHHHHH

Entity 6 non-polymer

描述 description	(3R)-3-HYDROXYDODECANOIC ACID
分子量 formula_weight	216.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8j18B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	8j18S01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8j18S02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.89 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	213390

fit	/app/data/saxs_computation/j1/8j18/8j18.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/8j18/8j18.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/8j18/8j18.dat

Cryo-EM structure of the 3-OH-C12-bound GPR84 receptor-Gi complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)