SAXSdb — 8j1e

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j1e
沉积日期 deposition_date	2023-04-12
结构标题 title	AtSLAC1 in open state
关键词 keywords	Stomatal closure, anion channel, phosphorylation-dependent activation, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.95 Å
零角强度 I(0) i0	134666000.00
分子量 molecular_weight	106880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	139450 Å³
包络体积 envelope_volume	175560 Å³
水化壳体积 shell_volume	45995 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.14 Å
包络 Rg envelope_rg	31.30 Å
形状 Rg shape_rg	30.98 Å
总 Rg total_rg	31.65 Å
总原子数 total_atoms	7590
残基数 n_residues	954
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	134700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7175
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.147
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.582
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.169; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.952

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein
分子量 formula_weight	93863.0 kDa
突变 mutation	S595R,Y604N,F629L,S630T,Q645R,F664S,N670T,Y710F,M718T,V728A,I736V,A771V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,B
原子数 atom_count	7590

MERKQSNAHSTFADINEVEDEAEQELQQQENNNNKRFSGNRGPNRGKQRPFRGFSRQVSLETGFSVLNRESRERDDKKSLPRSGRSFGGFESGGIINGGDGRKTDFSMFRTKSTLSKQKSLLPSIIRERDIENSLRTEDGETKDDSINENVSAGRYFAALRGPELDEVKDNEDILLPKEEQWPFLLRFPIGCFGICLGLSSQAVLWLALAKSPATNFLHITPLINLVVWLFSLVVLVSVSFTYILKCIFYFEAVKREYFHPVRVNFFFAPWVVCMFLAISVPPMFSPNRKYLHPAIWCVFMGPYFFLELKIYGQWLSGGKRRLCKVANPSSHLSVVGNFVGAILASKVGWDEVAKFLWAVGFAHYLVVFVTLYQRLPTSEALPKELHPVYSMFIAAPSAASIAWNTIYGQFDGCSRTCFFIALFLYISLVARINFFTGFKFSVAWWSYTFPMTTASVATIKYAEAVPGYPSRALALTLSFISTAMVCVLFVSTLLHAFVWQTLFPNDLAIAITKRKLTREKKPFKRAYDLKRWTKQALAKKISAEKDFEAEEESHHGSENLYFQSMSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVRGEGEGDATNGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTISFKDDGTYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNFNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRHNVEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSVLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMDELYKYPYDVPDYAGGGSHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Aequorea victoria
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6100
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.84 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	57879

fit	/app/data/saxs_computation/j1/8j1e/8j1e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/8j1e/8j1e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/8j1e/8j1e.dat

AtSLAC1 in open state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D