8j1m

Crystal structure of a crosslinked variant of BbZIP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j1m
沉积日期 deposition_date	2023-04-13
最后修订 last_revision	2024-11-13
结构标题 title	Crystal structure of a crosslinked variant of BbZIP
关键词 keywords	Transporter, Zinc, Cadmium, Mercury, Crosslink, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.58 Å
零角强度 I(0) i0	14524100.00
分子量 molecular_weight	30923.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39636 Å³
包络体积 envelope_volume	44169 Å³
水化壳体积 shell_volume	19674 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.06 Å
包络 Rg envelope_rg	19.05 Å
形状 Rg shape_rg	18.67 Å
总 Rg total_rg	19.30 Å
总原子数 total_atoms	2134
残基数 n_residues	289
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.8 Å
Rg (实空间) rg_real	19.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8993
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1469000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.997

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative membrane protein
分子量 formula_weight	28937.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2217

SHPLITLGLAASAAGVVLLLVAGIVNALTGENRVHVGYAVLGGAAGFAATALGALMALGLRAISARTQDAMLGFCAGMMLAASAFSLILPGLDAAGTIVGPGPAAAAVVALGLGLGVLLMLGLDYFTPHEHERTGHQGPEAARVNRVWLFVLTIILHNLPEGMAIGVSFATGDLRIGLPLTSAIAIQDVPEGLCVALALRAVGLPIGRAVLVAVASGLMEPLGALVGVGISSGFALAYPISMGLAAGAMIFVVSHEVIPETHRNGHETTATVGLMAGFALMMFLDTALG

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella bronchiseptica RB50
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	257310
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	[(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	58

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	116.407 Å
晶胞边长 b length_b	51.012 Å
晶胞边长 c length_c	51.817 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.952 Å
最低分辨率 resolution_low	30.441 Å
R 因子 r_factor	0.1742
R_work r_work	0.1712
R_free r_free	0.2000

fit	/app/data/saxs_computation/j1/8j1m/8j1m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/8j1m/8j1m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/8j1m/8j1m.dat