8j2c

Structure of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus, mutant N940V/K1106W/S1114R

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j2c
沉积日期 deposition_date	2023-04-14
最后修订 last_revision	2024-04-17
结构标题 title	Structure of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus, mutant N940V/K1106W/S1114R
关键词 keywords	;3-hydroxypropionate(3-HP), malonyl-CoA reductase, CO2 fixation, short-chain dehydrogenase/reductase (SDR), Chloroflexus aurantiacus, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.67 Å
零角强度 I(0) i0	84548700.00
分子量 molecular_weight	71334.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89157 Å³
包络体积 envelope_volume	107410 Å³
水化壳体积 shell_volume	33376 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.40 Å
包络 Rg envelope_rg	26.79 Å
形状 Rg shape_rg	26.67 Å
总 Rg total_rg	27.45 Å
总原子数 total_atoms	5021
残基数 n_residues	647
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.3 Å
Rg (实空间) rg_real	27.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	84550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9087
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.241
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
分子量 formula_weight	73764.0 kDa
突变 mutation	N940V/K1106W/S1114R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5559

GAMASATTGARSASVGWAESLIGLHLGKVALITGGSAGIGGQIGRLLALSGARVMLAARDRHKLEQMQAMIQSELAEVGYTDVEDRVHIAPGCDVSSEAQLADLVERTLSAFGTVDYLINNAGIAGVEEMVIDMPVEGWRHTLFANLISNYSLMRKLAPLMKKQGSGYILNVSSYFGGEKDAAIPYPNRADYAVSKAGQRAMAEVFARFLGPEIQINAIAPGPVEGDRLRGTGERPGLFARRARLILENKRLNELHAALIAAARTDERSMHELVELLLPNDVAALEQNPAAPTALRELARRFRSEGDPAASSSSALLNRSIAAKLLARLHNGGYVLPADIFANLPNPPDPFFTRAQIDREARKVRDGIMGMLYLQRMPTEFDVAMATVYYLADRVVSGETFHPSGGLRYERTPTGGELFGLPSPERLAELVGSTVYLIGEHLTEHLNLLARAYLERYGARQVVMIVETETGAETMRRLLHDHVEAGRLMTIVAGDQIEAAIDQAITRYGRPGPVVCTPFRPLPTVPLVGRKDSDWSTVLSEAEFAELCEHQLTHHFRVARWIALSDGARLALVTPETTATSTTEQFALANFIKTTLHAFTATIGVESERTAQRILINQVDLTRRARAEEPRDPHERQQELERFIEAVLLVTAPLPPEADTRYAGRIHRGRAITV

来源 Source

来源生物 organism	Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	324602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	523

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.273 Å
晶胞边长 b length_b	133.029 Å
晶胞边长 c length_c	74.119 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	73.265 Å
R 因子 r_factor	0.1700
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	0.1880

fit	/app/data/saxs_computation/j2/8j2c/8j2c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j2/8j2c/8j2c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j2/8j2c/8j2c.dat

Structure of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus, mutant N940V/K1106W/S1114R

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction