8j2x

Saccharothrix syringae photocobilins protein, light state

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j2x
沉积日期 deposition_date	2023-04-15
最后修订 last_revision	2024-04-10
结构标题 title	Saccharothrix syringae photocobilins protein, light state
关键词 keywords	cobalamin binding, biliverdin binding, B12-dependent photoreceptor protein, photocobilins, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.50 Å
零角强度 I(0) i0	24963400.00
分子量 molecular_weight	37903.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47291 Å³
包络体积 envelope_volume	55464 Å³
水化壳体积 shell_volume	21769 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.90 Å
包络 Rg envelope_rg	21.62 Å
形状 Rg shape_rg	21.52 Å
总 Rg total_rg	22.27 Å
总原子数 total_atoms	2679
残基数 n_residues	337
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9072
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.495
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6568000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.991

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Cobalamin-binding protein
分子量 formula_weight	36407.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2789

VDILAAGREELMAALAEGDEHAAVDLAMRLLDGGVPADVVLLELVADAQVEIGVLWQANRWSVAQEHAATAISERVIAAVGDRAAAAPTRGHVVVACLDGEWHALPARIVAEVLRGRGWRVTFLGASVPAAHLVPYLEEHGPDAVALSCTLPRGLPRADQVVAACRATGTPVLVGGLGFGPDGRWARVLGAGTWAPTARAAADLLDRPEWPRTALPAPPRPADPEYAALRARRAELVDAGLAALHEWFPPLRDYDARRLDATLDDLGDIVDHLAASVYVDDPELFGEFVTWTAEVLAARGVSPASVEVALEAIARVLDDHPRTRHHLDHGRRALAAHLEHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharothrix syringae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	103733
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALAMIN
分子量 formula_weight	1330.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	BILIVERDINE IX ALPHA
分子量 formula_weight	582.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	80

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.667 Å
晶胞边长 b length_b	109.667 Å
晶胞边长 c length_c	98.074 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	94.970 Å
R 因子 r_factor	0.1839
R_work r_work	0.1832
R_free r_free	0.2003

fit	/app/data/saxs_computation/j2/8j2x/8j2x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j2/8j2x/8j2x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j2/8j2x/8j2x.dat

Saccharothrix syringae photocobilins protein, light state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction