8j4b

Crystal structure of OY phytoplasma SAP05 in complex with AtSPL13

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j4b
沉积日期 deposition_date	2023-04-19
结构标题 title	Crystal structure of OY phytoplasma SAP05 in complex with AtSPL13
关键词 keywords	ubiquitin-independent protein degradation, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.51 Å
零角强度 I(0) i0	28614800.00
分子量 molecular_weight	39349.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48276 Å³
包络体积 envelope_volume	60475 Å³
水化壳体积 shell_volume	20938 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.55 Å
包络 Rg envelope_rg	27.94 Å
形状 Rg shape_rg	27.39 Å
总 Rg total_rg	28.20 Å
总原子数 total_atoms	2751
残基数 n_residues	332
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7519
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.643
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.277
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.520; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.363; Smooth: 0.847

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein
分子量 formula_weight	12288.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3035

GAPHEERVGDMRIVNITFSDINSIKNFQPFSQYFDFTLTGPRYNGNIAQFAMIWKIKNPPHNLLGVFFDNNTRDDEDDKYTLEELKQMGNGAKNMYIFWQYEQK

来源 Source

来源生物 organism	Onion yellows phytoplasma OY-M
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262768
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Squamosa promoter-binding-like protein 13A
分子量 formula_weight	7686.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GMPICLVDGCDSDFSNCREYHKRHKVCDVHSKTPVVTINGHKQRFCQQCSRFHALEEFDEGKRSCR

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	284

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.920 Å
晶胞边长 b length_b	63.350 Å
晶胞边长 c length_c	68.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	36.930 Å
R 因子 r_factor	0.1771
R_work r_work	0.1751
R_free r_free	0.2131

fit	/app/data/saxs_computation/j4/8j4b/8j4b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j4/8j4b/8j4b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j4/8j4b/8j4b.dat

Crystal structure of OY phytoplasma SAP05 in complex with AtSPL13

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)