8j4y

Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (reduced) determined at 3 angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 150.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j4y
沉积日期 deposition_date	2023-04-21
结构标题 title	Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (reduced) determined at 3 angstrom resolution
关键词 keywords	Ribonucleotide reductase NrdF2, NrdI protein complex, Metal cofactor assembly, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.32 Å
零角强度 I(0) i0	726376000.00
分子量 molecular_weight	226100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	283580 Å³
包络体积 envelope_volume	360700 Å³
水化壳体积 shell_volume	66292 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.23 Å
包络 Rg envelope_rg	44.01 Å
形状 Rg shape_rg	44.32 Å
总 Rg total_rg	44.58 Å
总原子数 total_atoms	15940
残基数 n_residues	1964
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	150.1 Å
Rg (实空间) rg_real	44.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4200e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	726500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6600
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.145
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	95860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.010; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.964

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
分子量 formula_weight	36994.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	15956

VTGNAKLIDRVSAINWNRLQDEKDAEVWDRLTGNFWLPEKVPVSNDIPSWGTLTAGEKQLTMRVFTGLTMLDTIQGTVGAVSLIPDALTPHEEAVLTNIAFMESVHAKSYSQIFSTLCSTAEIDDAFRWSEENRNLQRKAEIVLQYYRGDEPLKRKVASTLLESFLFYSGFYLPMYWSSRAKLTNTADMIRLIIRDEAVHGYYIGYKFQRGLALVDDVTRAELKDYTYELLFELYDNEVEYTQDLYDEVGLTEDVKKFLRYNANKALMNLGYEALFPRDETDVNPAILSALSPNADENHDFFSGSGSSYVIGKAVVTEDDDWDF

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Protein NrdI
分子量 formula_weight	16508.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I

MDIAGRSLVYFSSVSENTHRFVQKLGIPATRIPLHGRIEVDEPYVLILPTYGGGRANPGLDAGGYVPKQVIAFLNNDHNRAQLRGVIAAGNTNFGAEFCYAGDVVSRKCSVPYLYRFELMGTEDDVAAVRTGLAEFWKEQTCHQPSLQSL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	PEROXIDE ION
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	HYDROXIDE ION
分子量 formula_weight	17.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	160.430 Å
晶胞边长 b length_b	160.430 Å
晶胞边长 c length_c	310.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.020 Å
最低分辨率 resolution_low	91.580 Å
R 因子 r_factor	0.2314
R_work r_work	0.2296
R_free r_free	0.2662

fit	/app/data/saxs_computation/j4/8j4y/8j4y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j4/8j4y/8j4y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j4/8j4y/8j4y.dat

Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (reduced) determined at 3 angstrom resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)