8j56

Crystal structure of the FlhDC complex from Cupriavidus necator

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j56
沉积日期 deposition_date	2023-04-21
最后修订 last_revision	2024-02-28
结构标题 title	Crystal structure of the FlhDC complex from Cupriavidus necator
关键词 keywords	FlhDC, flagellar master regulator, transcription factor, Cupriavidus necator, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.53 Å
零角强度 I(0) i0	74615100.00
分子量 molecular_weight	69203.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87152 Å³
包络体积 envelope_volume	113320 Å³
水化壳体积 shell_volume	32128 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.91 Å
包络 Rg envelope_rg	29.03 Å
形状 Rg shape_rg	29.52 Å
总 Rg total_rg	30.28 Å
总原子数 total_atoms	4863
残基数 n_residues	643
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.2 Å
Rg (实空间) rg_real	30.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	74620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6986
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.660
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.077; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.961

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Flagellar transcriptional regulator FlhD
分子量 formula_weight	12380.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E
原子数 atom_count	4863

GSAKDPLESSEVLQEIREVNLAYLLLAQRLVRENQVEAMFRLGVSKEIADILAKLTSAQLVKLAASNMVLCRFRFDDHALLSTLTHTAKSHDMQQIHAAILLARQPVESLN

来源 Source

来源生物 organism	Cupriavidus necator
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	106590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Flagellar transcriptional regulator FlhC
分子量 formula_weight	22384.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

LTALLQAEPTRSYTATSVPSRKSVLQDANQTQLAIELIGLGARLQVLEAETTLSRDRLIRLYKELRGVSPPKGMLPFSTDWFTTWLPNIHSSLFFSAYQFMVQEGETVGIRAVVAAYRLYLEHVSLLGGEIVLSFTRAWTLVRFFESNMLQLSRCTCCGGQFVTHAYEPHANFVCSLCRPPSRAGKVKKLSKDAAAVQTNA

来源 Source

来源生物 organism	Cupriavidus necator
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	106590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	124.533 Å
晶胞边长 b length_b	124.533 Å
晶胞边长 c length_c	173.853 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	29.910 Å
R 因子 r_factor	0.2219
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2613

fit	/app/data/saxs_computation/j5/8j56/8j56.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j5/8j56/8j56.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j5/8j56/8j56.dat

Crystal structure of the FlhDC complex from Cupriavidus necator

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)