8j5k

Structural insights into photosystem II supercomplex and trimeric FCP antennae of a centric diatom Cyclotella meneghiniana

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 253.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8j5k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8j5k
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8j5k
沉积日期 deposition_date2023-04-23
最后修订 last_revision2023-12-20
结构标题 titleStructural insights into photosystem II supercomplex and trimeric FCP antennae of a centric diatom Cyclotella meneghiniana
关键词 keywordsPSII-FCPII supercomplex, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier72.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron71.47
零角强度 I(0) i09859480000.00
分子量 molecular_weight1002400.0 kDa
排除体积 excluded_volume1310200 ų
包络体积 envelope_volume1841500 ų
水化壳体积 shell_volume203170 ų
包络直径 envelope_diameter293.1
壳层 Rg shell_rg75.35
包络 Rg envelope_rg73.90
形状 Rg shape_rg71.66
总 Rg total_rg70.73
总原子数 total_atoms71446
残基数 n_residues7682
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax253.8
Rg (实空间) rg_real75.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.44
I(0) (实空间) i0_real9.8670e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0920e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal71.62
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9850000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8823
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary80.8
偏度 Skewness skewness0.583
峰度 Kurtosis kurtosis0.081
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.1270
最高正则化参数 α highest_alpha2850000000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 0.880; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.519

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (44)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)