8j5s

Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the pre-catalytic intermediate state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 155.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j5s
沉积日期 deposition_date	2023-04-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the pre-catalytic intermediate state
关键词 keywords	OppABCD, AMPPNP-Mg, Pre-catalytic intermediate state, Type I ABC importer, Membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.28 Å
零角强度 I(0) i0	516191000.00
分子量 molecular_weight	188690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	237210 Å³
包络体积 envelope_volume	323230 Å³
水化壳体积 shell_volume	61488 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.6 Å
壳层 Rg shell_rg	47.26 Å
包络 Rg envelope_rg	45.32 Å
形状 Rg shape_rg	46.28 Å
总 Rg total_rg	46.34 Å
总原子数 total_atoms	13275
残基数 n_residues	1750
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	155.8 Å
Rg (实空间) rg_real	46.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	515900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7945
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.478
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.611
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	125500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.641; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.906; Smooth: 0.494

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Uncharacterized protein Rv1280c
分子量 formula_weight	64501.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13275

VADRGQRRGCAPGIASALRASFQGKSRPWTQTRYWAFALLTPLVVAMVLTGCSASGTQLELAPTADRRAAVGTTSDINQQDPATLQDGGNLRLSLTDFPPNFNILHIDGNNAEVAAMMKATLPRAFIIGPDGSTTVDTNYFTSIELTRTAPQVVTYTINPEAVWSDGTPITWRDIASQIHAISGADKAFEIASSSGAERVASVTRGVDDRQAVVTFAKPYAEWRGMFAGNGMLLPASMTATPEAFNKGQLDGPGPSAGPFVVSALDRTAQRIVLTRNPRWWGARPRLDSITYLVLDDAARLPALQNNTIDATGVGTLDQLTIAARTKGISIRRAPGPSWYHFTLNGAPGSILADKALRLAIAKGIDRYTIARVAQYGLTSDPVPLNNHVFVAGQDGYQDNSGVVAYNPEQAKRELDALGWRRSGAFREKDGRQLVIRDLFYDAQSTRQFAQIAQHTLAQIGVKLELQAKSGSGFFSDYVNVGAFDIAQFGWVGDAFPLSSLTQIYASDGESNFGKIGSPQIDAAIERTLAELDPGKARALANQVDELIWAEGFSLPLTQSPGTVAVRSTLANFGATGLADLDYTAIGFMRRDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 2 polymer

描述 description	Putative peptide transport permease protein Rv1283c
分子量 formula_weight	35120.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTRYLARRLLNYLVLLALASFLTYCLTSLAFSPLESLMQRSPRPPQAVIDAKAHDLGLDRPILARYANWVSHAVRGDFGTTITGQPVGTELGRRIGVSLRLLVVGSVFGTVAGVVIGAWGAIRQYRLSDRVMTTLALLVLSTPTFVVANLLILGALRVNWAVGIQLFDYTGETSPGVAGGVWDRLGDRLQHLILPSLTLALAAAAGFSRYQRNAMLDVLGQDFIRTARAKGLTRRRALLKHGLRTALIPMATLFAYGVAGLVTGAVFVEKIFGWHGMGEWMVRGISTQDTNIVAAITVFSGAVVLLAGLLSDVIYAALDPRVRVS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 3 polymer

描述 description	Putative peptide transport permease protein Rv1282c
分子量 formula_weight	31402.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTEFASRRTLVVRRFLRNRAAVASLAALLLLFVSAYALPPLLPYSYDDLDFNALLQPPGTKHWLGTNALGQDLLAQTLRGMQKSMLIGVCVAVISTGIAATVGAISGYFGGWRDRTLMWVVDLLLVVPSFILIAIVTPRTKNSANIMFLVLLLAGFGWMISSRMVRGMTMSLREREFIRAARYMGVSSRRIIVGHVVPNVASILIIDAALNVAAAILAETGLSFLGFGIQPPDVSLGTLIADGTASATAFPWVFLFPASILVLILVCANLTGDGLRDALDPASRSLRRGVR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 4 polymer

描述 description	Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein Rv1281c
分子量 formula_weight	65342.8 kDa
突变 mutation	E180D,E525D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSPLLEVTDLAVTFRTDGDPVTAVRGISYRVEPGEVVAMVGESGSGKSAAAMAVVGLLPEYAQVRGSVRLQGTELLGLADNAMSRFRGKAIGTVFQDPMSALTPVYTVGDQIAEAIEVHQPRVGKKAARRRAVELLDLVGISQPQRRSRAFPHELSGGERQRVVIAIAIANDPDLLICDDPTTALDVTVQAQILDVLKAARDVTGAGVLIITHDLGVVAEFADRALVMYAGRVVESAGVNDLYRDRRMPYTVGLLGSVPRLDAAQGTRLVPIPGAPPSLAGLAPGCPFAPRCPLVIDECLTAEPELLDVATDHRAACIRTELVTGRSAADIYRVKTEARPAALGDASVVVRVRHLVKTYRLAKGVVLRRAIGEVRAVDGISLELRQGRTLGIVGESGSGKSTTLHEILELAAPQSGSIEVLGTDVATLGTAERRSLRRDIQVVFQDPVASLDPRLPVFDLIAEPLQANGFGKNETHARVAELLDIVGLRHGDASRYPAEFSGGQKQRIGIARALALQPKILALDDPVSALDVSIQAGIINLLLDLQEQFGLSYLFVSHDLSVVKHLAHQVAVMLAGTVVEQGDSEEVFGNPKHEYTRRLLGAVPQPDPARRG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 5 polymer

描述 description	Endogenous oligopeptide
分子量 formula_weight	698.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

XXXXXXXX

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	169227

fit	/app/data/saxs_computation/j5/8j5s/8j5s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j5/8j5s/8j5s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j5/8j5s/8j5s.dat

Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the pre-catalytic intermediate state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)