8j6k

Crystal structure of pro-interleukin-18 and caspase-4 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j6k
沉积日期 deposition_date	2023-04-26
结构标题 title	Crystal structure of pro-interleukin-18 and caspase-4 complex
关键词 keywords	Inflammatory cytokine, Enzyme, IMMUNE SYSTEM, HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex; HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.29 Å
零角强度 I(0) i0	59602300.00
分子量 molecular_weight	60863.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76428 Å³
包络体积 envelope_volume	96454 Å³
水化壳体积 shell_volume	29682 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.32 Å
包络 Rg envelope_rg	28.29 Å
形状 Rg shape_rg	28.26 Å
总 Rg total_rg	29.00 Å
总原子数 total_atoms	4269
残基数 n_residues	526
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9037
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	88.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.301
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.591
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.945

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Caspase-4 subunit p20
分子量 formula_weight	19330.0 kDa
突变 mutation	C258A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4269

STDALKLCPHEEFLRLCKERAEEIYPIKERNNRTRLALIICNTEFDHLPPRNGADFDITGMKELLEGLDYSVDVEENLTARDMESALRAFATRPEHKSSDSTFLVLMSHGILEGICGTVHDEKKPDVLLYDTIFQIFNNRNCLSLKDKPKVIIVQAARGANRGELWVRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Caspase-4 subunit p10
分子量 formula_weight	10424.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.57
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

AVYKTHVEKDFIAFCSSTPHNVSWRDSTMGSIFITQLITCFQKYSWCCHLEEVFRKVQQSFETPRAKAQMPTIERLSMTRYFYLFPGN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Interleukin-18
分子量 formula_weight	22437.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SMAAEPVEDNCINFVAMKFIDNTLYFIAEDDENLESDYFGKLESKLSVIRNLNDQVLFIDQGNRPLFEDMTDSDCRDNAPRTIFIISMYKDSQPRGMAVTISVKCEKISTLSCENKIISFKEMNPPDNIKDTKSDIIFFQRSVPGHDNKMQFESSSYEGYFLACEKERDLFKLILKKEDELGDRSIMFTVQNED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Arginine ADP-riboxanase OspC3
分子量 formula_weight	18366.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.3.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GPLGSGRPMLSTDNFKKIKLRDISLEDAIKASNYEEINNKVTDKKMAHQALAYSLGNKKADIALYLLSKFNFTKQDVAEMEKMKNNRYCNLYDVEYLLSKDGANYKVLEYFINNGLVDVNKKFQKVNSGDTMLDNAMKSKDSKMIDFLLKNGAILGKRFEI

来源 Source

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.254 Å
晶胞边长 b length_b	86.254 Å
晶胞边长 c length_c	194.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.120 Å
最低分辨率 resolution_low	59.200 Å
R 因子 r_factor	0.2411
R_work r_work	0.2378
R_free r_free	0.2693

fit	/app/data/saxs_computation/j6/8j6k/8j6k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j6/8j6k/8j6k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j6/8j6k/8j6k.dat

Crystal structure of pro-interleukin-18 and caspase-4 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)