← 返回搜索

8j6v

Structure of yeast Arginyl-tRNA-protein transferase 1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 205.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8j6v

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j6v
沉积日期 deposition_date	2023-04-26
结构标题 title	Structure of yeast Arginyl-tRNA-protein transferase 1
关键词 keywords	Arginyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	67.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.27 Å
零角强度 I(0) i0	5448330000.00
分子量 molecular_weight	643320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	811510 Å³
包络体积 envelope_volume	1196900 Å³
水化壳体积 shell_volume	146240 Å³
包络直径 envelope_diameter	239.5 Å
壳层 Rg shell_rg	68.91 Å
包络 Rg envelope_rg	65.63 Å
形状 Rg shape_rg	67.27 Å
总 Rg total_rg	67.32 Å
总原子数 total_atoms	45256
残基数 n_residues	5575
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	205.1 Å
Rg (实空间) rg_real	67.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1370e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	66.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5440000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8151
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.430
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.538
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	1743000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.008

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (1)

▶

7. 引用文献 (1)

▶

8. 文件与曲线 (10)