8j7z

Structure of FCP trimer in Cyclotella meneghiniana

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 88.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j7z
沉积日期 deposition_date	2023-04-28
结构标题 title	Structure of FCP trimer in Cyclotella meneghiniana
关键词 keywords	Cm-FCP-trimer, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.88 Å
零角强度 I(0) i0	89386500.00
分子量 molecular_weight	99141.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133400 Å³
包络体积 envelope_volume	153490 Å³
水化壳体积 shell_volume	42390 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.89 Å
包络 Rg envelope_rg	28.38 Å
形状 Rg shape_rg	28.90 Å
总 Rg total_rg	29.86 Å
总原子数 total_atoms	7088
残基数 n_residues	543
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	89400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9002
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.122
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.561
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5735000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.948

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	FCP
分子量 formula_weight	19815.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7088

AFEDELGAQPPLGFFDPFGMLSGDCTQERFDRLRYVEIKHGRIAQLAFLGQIVTRAGIHLPGSINYAGDSFDSFPNGVAALFGPNSIPTAGLVQIIAFIGVLECAFMRDVPGTGNEHVGDFRNGYIDFGWDSFDEETKLQKRAIELNNGRAAMMGILGLMVHEEIIPLGYDPDLPIIGHLQ

Entity 2 non-polymer

描述 description	;(3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate ;
分子量 formula_weight	658.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 4 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c2
分子量 formula_weight	608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c1
分子量 formula_weight	610.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.72 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	970425

fit	/app/data/saxs_computation/j7/8j7z/8j7z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j7/8j7z/8j7z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j7/8j7z/8j7z.dat