8j8e

Human serum albumin-palladium(II) agent complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 150.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j8e
沉积日期 deposition_date	2023-05-01
结构标题 title	Human serum albumin-palladium(II) agent complex
关键词 keywords	Complex, HORMONE; HORMONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.02 Å
零角强度 I(0) i0	250736000.00
分子量 molecular_weight	130420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	163770 Å³
包络体积 envelope_volume	224800 Å³
水化壳体积 shell_volume	47485 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.4 Å
壳层 Rg shell_rg	44.10 Å
包络 Rg envelope_rg	40.86 Å
形状 Rg shape_rg	41.04 Å
总 Rg total_rg	41.11 Å
总原子数 total_atoms	9130
残基数 n_residues	1162
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	150.5 Å
Rg (实空间) rg_real	41.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	250700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8234
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.603
峰度 Kurtosis kurtosis	0.130
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.677; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.759; Smooth: 0.910

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Serum albumin
分子量 formula_weight	66571.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,I
原子数 atom_count	9306

DAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPFEDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEPERNECFLQHKDDNPNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELLFFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWAVARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKLKECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEYARRHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCELFEQLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSVVLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADICTLSEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKKLVAASQAALGL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 2 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	;~{N},~{N}-dimethyl-7-phenyl-3-thia-1$l^{4},5,6$l^{4}-triaza-2$l^{3}-palladatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(12),4,6,8,10-pentaen-4-amine ;
分子量 formula_weight	389.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	176

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.356 Å
晶胞边长 b length_b	92.706 Å
晶胞边长 c length_c	95.345 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	74.89 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	79.88 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	91.960 Å
R 因子 r_factor	0.2531
R_work r_work	0.2497
R_free r_free	0.3162

fit	/app/data/saxs_computation/j8/8j8e/8j8e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j8/8j8e/8j8e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j8/8j8e/8j8e.dat

Human serum albumin-palladium(II) agent complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction