8j8j

Membrane bound PRTase, C3 symmetry, donor bound

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 95.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j8j
沉积日期 deposition_date	2023-05-01
结构标题 title	Membrane bound PRTase, C3 symmetry, donor bound
关键词 keywords	phosphoribose transferase complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.50 Å
零角强度 I(0) i0	127948000.00
分子量 molecular_weight	97661.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125780 Å³
包络体积 envelope_volume	161180 Å³
水化壳体积 shell_volume	43701 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.88 Å
包络 Rg envelope_rg	30.47 Å
形状 Rg shape_rg	30.49 Å
总 Rg total_rg	31.25 Å
总原子数 total_atoms	6873
残基数 n_residues	870
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	128000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9104
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.116
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.602
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.961

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase
分子量 formula_weight	32682.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A,B
原子数 atom_count	6873

MSEDVVTQPPANLVAGVVKAIRPRQWVKNVLVLAAPLAALGGGVRYDYVEVLSKVSMAFVVFSLAASAVYLVNDVRDVEADREHPTKRFRPIAAGVVPEWLAYTVAVVLGVTSLAGAWMLTPNLALVMVVYLAMQLAYCFGLKHQAVVEICVVSSAYLIRAIAGGVATKIPLSKWFLLIMAFGSLFMVAGKRYAELHLAERTGAAIRKSLESYTSTYLRFVWTLSATAVVLCYGLWAFERDGYSGSWFAVSMIPFTIAILRYAVDVDGGLAGEPEDIALRDRVLQLLALAWIATVGAAVAFG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose
分子量 formula_weight	390.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.76 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	410532

fit	/app/data/saxs_computation/j8/8j8j/8j8j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j8/8j8j/8j8j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j8/8j8j/8j8j.dat