SAXSdb — 8j8q

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j8q
沉积日期 deposition_date	2023-05-02
结构标题 title	Structure of the four-component Paf1 complex from Saccharomyces eubayanus
关键词 keywords	transcription elongation factor, the polymerase associated factor 1 (Paf1) complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.35 Å
零角强度 I(0) i0	227484000.00
分子量 molecular_weight	125110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	157140 Å³
包络体积 envelope_volume	228100 Å³
水化壳体积 shell_volume	44229 Å³
包络直径 envelope_diameter	182.2 Å
壳层 Rg shell_rg	44.18 Å
包络 Rg envelope_rg	49.15 Å
形状 Rg shape_rg	48.34 Å
总 Rg total_rg	48.19 Å
总原子数 total_atoms	8756
残基数 n_residues	1058
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	176.3 Å
Rg (实空间) rg_real	48.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	227200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6921
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.654
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.289
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.340; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.293; Smooth: 0.679

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	CTR9-like protein
分子量 formula_weight	105524.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	8756

MANTIKVEGYPSMEWPTSLDIPLKASEELVGIDLETDLPDDPTDLKTLLVEESSEKEHWLTIALAYCNHGKTNEGIRLIEMALDVFQNSERASLHTFLTWAHLNLAKGHSLSVETKEHELTQAELNLKDAIGFDPTWIGNMLATVELYYQRGHYDKALETSDLFVKSIHAEDHRSGRQSKPNCLFLLLRAKLLYQKKNYVASLKIFQELLVINPVLQPDPRIGIGLCFWQLKDPKMAIKSWQRALQINSKNTSASILVLLGEFHNSLTDSTNDEVFKETFSKALSDLKNIFSENQNNPVLLTLLQTYHYFKGDFQTVLDIYHHKILKMSPLIAKTVLSESSFWCGRAHYALGDYRKSFIMFQESLKKNEDNLMARLGLGQTQIKSNLLEESIITFENLYKTNESLQELNYILGLLYAGKTLDVKTSKSIPAKELNKLNEKALQYLERYIKLTVAKKNQLIISRVYLVISQLYESQNQYKISLDFLSKALEEMEFVNKDEVPLEILNNLACYHFINGDLTKADNLFEQAKAKVSDMNKSVNITLEYNIARTSEKTNWEKSESIYSQITSSHPSYISARIRNLYIKFAHSKINDSEMNIEINGLLEMNKSDLEMRSFYGWYLKNSEERKNSEKSTSHNKETLVKYNSHDAYALISLANLYVTIARDGKKSRNPKEQEKSKHSYLKAIQLYQKVLQIDPFNVFAAQGVAIIFAESKRLGPALEILRKIRDSLDNEDVQLNLAHCLLEMREFGKAIENYELVLKKFDNERTRPHILNLLGRAWYSRGMKERSVSFFQKALENAKTALELFVQQSAKNKFIHSVKFNIALLQFQIAETLRRSNPKFRTVQQIKDSLEGLEEGLALFKELNDLKEFNMIPKEELEQRIQLGETTMKSALERSLNEQEEFEKDQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces eubayanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1080349
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	PAF1-like protein
分子量 formula_weight	12841.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

SMSKKQEYIAPIKYQNSLPVPQLPPKLLAYPEAPETNPDSSQLINSLYVKTNISNLIQQDEDLGMPVDLMKFPGLLNKLDSKLLYGFDNVKLDKDDRILLRDPRIDRLTKT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces eubayanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1080349
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	RTF1-like protein
分子量 formula_weight	9468.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

SKSDPFSRLKTRTKVYYQEIQKEENAKAKEMAQQEKLQEDRETKERREKELLLAQFRRLGGLERMIGELDIKFDFKF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces eubayanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1080349
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	CDC73-like protein
分子量 formula_weight	8535.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

SGSAGNGLVPSDPVLAETMKNERVVQDHNSALRGARPINFGYLIKDAELKLVQSIKGSLRGSKLPPGHKGAHGRVSKTNGS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces eubayanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1080349
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.634 Å
晶胞边长 b length_b	89.173 Å
晶胞边长 c length_c	128.072 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.110 Å
最低分辨率 resolution_low	27.070 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2780

fit	/app/data/saxs_computation/j8/8j8q/8j8q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j8/8j8q/8j8q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j8/8j8q/8j8q.dat

Structure of the four-component Paf1 complex from Saccharomyces eubayanus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)