SAXSdb — 8j90

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j90
沉积日期 deposition_date	2023-05-02
结构标题 title	Cryo-EM structure of DDM1-nucleosome complex
关键词 keywords	Chromatin, Epigenetics, Histon variant, chromatin remodeler, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.98 Å
零角强度 I(0) i0	887521000.00
分子量 molecular_weight	201360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	233990 Å³
包络体积 envelope_volume	353290 Å³
水化壳体积 shell_volume	68975 Å³
包络直径 envelope_diameter	156.1 Å
壳层 Rg shell_rg	47.65 Å
包络 Rg envelope_rg	42.15 Å
形状 Rg shape_rg	42.91 Å
总 Rg total_rg	43.35 Å
总原子数 total_atoms	13881
残基数 n_residues	1390
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.8 Å
Rg (实空间) rg_real	43.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	887600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6846
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.278
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.362
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	53080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.817

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15583.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	13881

GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11718.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	HTA6
分子量 formula_weight	16280.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

GSHMESTGKVKKAFGGRKPPGAPKTKSVSKSMKAGLQFPVGRITRFLKKGRYAQRLGGGAPVYMAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKSRIIPRHLLLAIRNDEELGKLLSGVTIAHGGVLPNINSVLLPKKSATKPAEEKATKSPVKSPKKA

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	HTB9
分子量 formula_weight	16756.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

GSHMAPRAEKKPAEKKPAAEKPVEEKSKAEKAPAEKKPKAGKKLPKEAGAGGDKKKKMKKKSVETYKIYIFKVLKQVHPDIGISSKAMGIMNSFINDIFEKLASESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (169-MER)
分子量 formula_weight	51922.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCGGACCCTATCGCGAGCCAGGCCTGAGAATCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (169-MER)
分子量 formula_weight	52424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGATTCTCAGGCCTGGCTCGCGATAGGGTCCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	ATP-dependent DNA helicase DDM1
分子量 formula_weight	87050.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GPHMVSLRSRKVIPASEMVSDGKTEKDASGDSPTSVLNEEENCEEKSVTVVEEEILLAKNGDSSLISEAMAQEEEQLLKLREDEEKANNAGSAVAPNLNETQFTKLDELLTQTQLYSEFLLEKMEDITINGIESESQKAEPEKTGRGRKRKAASQYNNTKAKRAVAAMISRSKEDGETINSDLTEEETVIKLQNELCPLLTGGQLKSYQLKGVKWLISLWQNGLNGILADQMGLGKTIQTIGFLSHLKGNGLDGPYLVIAPLSTLSNWFNEIARFTPSINAIIYHGDKNQRDELRRKHMPKTVGPKFPIVITSYEVAMNDAKRILRHYPWKYVVIDEGHRLKNHKCKLLRELKHLKMDNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFILPDIFTSHDEFESWFDFSEKNKNEATKEEEEKRRAQVVSKLHGILRPFILRRMKCDVELSLPRKKEIIMYATMTDHQKKFQEHLVNNTLEAHLGENAIRGQGWKGKLNNLVIQLRKNCNHPDLLQGQIDGSYLYPPVEEIVGQCGKFRLLERLLVRLFANNHKVLIFSQWTKLLDIMDYYFSEKGFEVCRIDGSVKLDERRRQIKDFSDEKSSCSIFLLSTRAGGLGINLTAADTCILYDSDWNPQMDLQAMDRCHRIGQTKPVHVYRLSTAQSIETRVLKRAYSKLKLEHVVIGQGQFHQERAKSSTPLEEEDILALLKEDETAEDKLIQTDISDADLDRLLDRSDLTITAPGETQAAEAFPVKGPGWEVVLPSSGGMLSSLNS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.71 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	34559

fit	/app/data/saxs_computation/j9/8j90/8j90.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/8j90/8j90.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/8j90/8j90.dat

Cryo-EM structure of DDM1-nucleosome complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)