8j9i

Cryo-EM structure of Euglena gracilis complex I, turnover state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 238.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8j9i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8j9i
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8j9i
沉积日期 deposition_date2023-05-03
结构标题 titleCryo-EM structure of Euglena gracilis complex I, turnover state
关键词 keywordsElectron transport chain, respiratory complex, membrane protein, Euglena gracilis, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier88.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron88.78
零角强度 I(0) i032890400000.00
分子量 molecular_weight1617000.0 kDa
排除体积 excluded_volume2049100 ų
包络体积 envelope_volume2793800 ų
水化壳体积 shell_volume255970 ų
包络直径 envelope_diameter308.9
壳层 Rg shell_rg86.93
包络 Rg envelope_rg88.69
形状 Rg shape_rg88.79
总 Rg total_rg88.70
总原子数 total_atoms226854
残基数 n_residues13863
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax238.5
Rg (实空间) rg_real84.85
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86
I(0) (实空间) i0_real3.1540e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6480e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal86.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal32700000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9137
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary92.8
偏度 Skewness skewness0.320
峰度 Kurtosis kurtosis-0.654
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.7310
最高正则化参数 α highest_alpha3004000000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.990; Stabil: 0.983; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.001

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (71)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)