8ja9

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis LpqY in complex with trehalose analogue YB-03

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ja9
沉积日期 deposition_date	2023-05-05
结构标题 title	Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis LpqY in complex with trehalose analogue YB-03
关键词 keywords	Sugar binding protein; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.66 Å
零角强度 I(0) i0	39315300.00
分子量 molecular_weight	47293.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58706 Å³
包络体积 envelope_volume	68493 Å³
水化壳体积 shell_volume	25942 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.88 Å
包络 Rg envelope_rg	21.78 Å
形状 Rg shape_rg	21.64 Å
总 Rg total_rg	22.57 Å
总原子数 total_atoms	3329
残基数 n_residues	434
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39320000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9111
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.173
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.512
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8959000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Trehalose-binding lipoprotein LpqY
分子量 formula_weight	49803.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3540

VVMSRGRIPRLGAAVLVALTTAAAACGADSQGLVVSFYTPATDGATFTAIAQRCNQQFGGRFTIAQVSLPRSPNEQRLQLARRLTGNDRTLDVMALDVVWTAEFAEAGWALPLSDDPAGLAENDAVADTLPGPLATAGWNHKLYAAPVTTNTQLLWYRPDLVNSPPTDWNAMIAEAARLHAAGEPSWIAVQANQGEGLVVWFNTLLVSAGGSVLSEDGRHVTLTDTPAHRAATVSALQILKSVATTPGADPSITRTEEGSARLAFEQGKAALEVNWPFVFASMLENAVKGGVPFLPLNRIPQLAGSINDIGTFTPSDEQFRIAYDASQQVFGFAPYPAVAPGQPAKVTIGGLNLAVAKTTRHRAEAFEAVRCLRDQHNQRYVSLEGGLPAVRASLYSDPQFQAKYPMHAIIRQQLTDAAVRPATPVYQALSIRLAAVLSPITEIDPESTADELAAQAQKAIDGMGLLP

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-1)-(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{S})-6-[(2-azanylhydrazinyl)methyl]oxane-2,3,4,5-tetrol
分子量 formula_weight	371.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	211

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.303 Å
晶胞边长 b length_b	64.977 Å
晶胞边长 c length_c	144.708 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	45.400 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2330

fit	/app/data/saxs_computation/ja/8ja9/8ja9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ja/8ja9/8ja9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ja/8ja9/8ja9.dat

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis LpqY in complex with trehalose analogue YB-03

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction