8jan

In situ structures of the ultra-long extended tail of Myoviridae phage P1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 274.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jan
沉积日期 deposition_date	2023-05-06
结构标题 title	In situ structures of the ultra-long extended tail of Myoviridae phage P1
关键词 keywords	Complex, phage, VIRUS, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	73.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	73.10 Å
零角强度 I(0) i0	15645600000.00
分子量 molecular_weight	1067200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1336000 Å³
包络体积 envelope_volume	2276000 Å³
水化壳体积 shell_volume	240900 Å³
包络直径 envelope_diameter	214.0 Å
壳层 Rg shell_rg	85.72 Å
包络 Rg envelope_rg	70.52 Å
形状 Rg shape_rg	73.10 Å
总 Rg total_rg	73.23 Å
总原子数 total_atoms	75114
残基数 n_residues	9834
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	274.0 Å
Rg (实空间) rg_real	76.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5650e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1090e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	74.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15700000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8758
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	104.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.437
峰度 Kurtosis kurtosis	0.517
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9361
最高正则化参数 α highest_alpha	4560000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.615; Stabil: 0.889; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.946

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	BplB
分子量 formula_weight	18827.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l
原子数 atom_count	75114

MGHNNTKGNRKFIKGRYTANAAKGERLVSSEFLLTFAGHEDISVLVRTSQIPEMTREDVEDYGPNGVKFNQHGPIRNSGEIQVQCVETIEGDILQFIKDRIAAKDYVDITMAATPESKSSGVNAVTKAATTIEMLDCKIYSDAIDFSTEDVTAAVRPSLRIVYNWIEWD

Entity 2 polymer

描述 description	Gp22
分子量 formula_weight	56989.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x

MSQYSIQQSLGNASGVAVSPINADATLSTGVALNSSLWAGIGVFARGKPFTVLAVTESNYEDVLGEPLKPSSGSQFEPIRHVYEAIQQTSGYVVRAVPDDAKFPIIMFDESGEPAYSALPYGSEIELDSGEAFAIYVDDGDPCISPTRELTIETATADSAGNERFLLKLTQTTSLGVVTTLETHTVSLAEEAKDDMGRLCYLPTALEARSKYLRAVVNEELISTAKVTNKKSLAFTGGTNGDQSKISTAAYLRAVKVLNNAPYMYTAVLGLGCYDNAAITALGKICADRLIDGFFDVKPTLTYAEALPAVEDTGLLGTDYVSCSVYHYPFSCKDKWTQSRVVFGLSGVAYAAKARGVKKNSDVGGWHYSPAGEERAVIARASIQPLYPEDTPDEEAMVKGRLNKVSVGTSGQMIIDDALTCCTQDNYLHFQHVPSLMNAISRFFVQLARQMKHSPDGITAAGLTKGMTKLLDRFVASGALVAPRDPDADGTEPYVLKVTQAEFDKWEVVWACCPTGVARRIQGVPLLIK

Entity 3 polymer

描述 description	Gp24
分子量 formula_weight	28937.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	y,z,A,B,C,D

MILNNQEWLLAIFKKKGLTPTGKLEFATIDGIDSALAQALNEAFDSQVVSFNDRINQSFREFLKRTPRDRITLGTFSDVKEWLSSFEADRAGRKDTASAGPVNKLAMPLVNLSRSPAFSIYEGELCRDNYDEGHVTNENDEIEALVSTIPFSLEYSLWIASDEKESLGMVTTALAFWLRMYASLGQASFTHIANVGGYEIPVTCYIEGQKSIAFQDLTTGTADNRLFAVGLNLTVVAELPILAYMQQTTGTITVKAKILEE

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	32031

fit	/app/data/saxs_computation/ja/8jan/8jan.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ja/8jan/8jan.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ja/8jan/8jan.dat

In situ structures of the ultra-long extended tail of Myoviridae phage P1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)