8jbd

Crystal structure of Adenylosuccinate lyase from Thermus thermophilus HB8, TtPurB

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jbd
沉积日期 deposition_date	2023-05-08
最后修订 last_revision	2023-11-15
结构标题 title	Crystal structure of Adenylosuccinate lyase from Thermus thermophilus HB8, TtPurB
关键词 keywords	ADENYLOSUCCINATE LYASE PURINE BIOSYNTHESIS THERMUS THERMOPHILUS, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.86 Å
零角强度 I(0) i0	73199600.00
分子量 molecular_weight	68817.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86963 Å³
包络体积 envelope_volume	104730 Å³
水化壳体积 shell_volume	31821 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.5 Å
壳层 Rg shell_rg	34.72 Å
包络 Rg envelope_rg	28.27 Å
形状 Rg shape_rg	27.88 Å
总 Rg total_rg	28.44 Å
总原子数 total_atoms	4860
残基数 n_residues	620
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4340e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8608
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.451
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.205
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.926; Smooth: 0.778

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	158.657 Å
晶胞边长 b length_b	158.657 Å
晶胞边长 c length_c	151.634 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.380 Å
最低分辨率 resolution_low	19.992 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2047
R_free r_free	0.2485

描述 description	Adenylosuccinate lyase
分子量 formula_weight	51259.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5111

Crystal structure of Adenylosuccinate lyase from Thermus thermophilus HB8, TtPurB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Thermus thermophilus HB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	251

fit	/app/data/saxs_computation/jb/8jbd/8jbd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jb/8jbd/8jbd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jb/8jbd/8jbd.dat