8jbt

B12-binding domain from Chloracidobacterium thermophilum MerR family protein, anaerobic light state

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jbt
沉积日期 deposition_date	2023-05-09
结构标题 title	B12-binding domain from Chloracidobacterium thermophilum MerR family protein, anaerobic light state
关键词 keywords	B12-dependent transcription regulators from the MerR superfamily, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.66 Å
零角强度 I(0) i0	47723000.00
分子量 molecular_weight	54187.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68078 Å³
包络体积 envelope_volume	80214 Å³
水化壳体积 shell_volume	28756 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.28 Å
包络 Rg envelope_rg	22.69 Å
形状 Rg shape_rg	22.68 Å
总 Rg total_rg	23.46 Å
总原子数 total_atoms	3827
残基数 n_residues	453
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.6 Å
Rg (实空间) rg_real	23.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9119
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.084
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.541
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.992

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative cobalamin binding protein
分子量 formula_weight	36124.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3903

MPRSKHTIQPVTTAQQTYSTAEVARMWAVSESSVKRWSDSGALSCIRTPGGHRRFTLQALLDFQRAGGVLRHGGQPGSGAVSVVSDGAAAVTASLDQALVARDWAALQARYYEAAVAGDELAGVALLERAYRSGIPVVALKEHVLTPVLHLIGERWRRGELNIWEEHLASQVTLAATEHLHRQLPRAPFNGRLALCGCPEGDLHEIALHLVMEVLEVEGWRVLSLGPNTPLFSFADAVRRFSPQLVCISATIVHDLERLRRDYGDFYHTVRQHGARIVIGGAAFADPQVREIFIHDYQAAGLTDFLDYLRREFPTPAVATGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Chloracidobacterium thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	458033
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALAMIN
分子量 formula_weight	1330.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	66

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	123.485 Å
晶胞边长 b length_b	123.485 Å
晶胞边长 c length_c	73.105 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	106.940 Å
R 因子 r_factor	0.2073
R_work r_work	0.2064
R_free r_free	0.2253

fit	/app/data/saxs_computation/jb/8jbt/8jbt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jb/8jbt/8jbt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jb/8jbt/8jbt.dat