8jd7

endo-1,3-fucanase GH174A

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jd7
沉积日期 deposition_date	2023-05-12
最后修订 last_revision	2024-05-15
结构标题 title	endo-1,3-fucanase GH174A
关键词 keywords	endo-1, 3-fucanase, GH174, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.54 Å
零角强度 I(0) i0	200124000.00
分子量 molecular_weight	114450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143220 Å³
包络体积 envelope_volume	177830 Å³
水化壳体积 shell_volume	44126 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.40 Å
包络 Rg envelope_rg	32.91 Å
形状 Rg shape_rg	33.53 Å
总 Rg total_rg	34.09 Å
总原子数 total_atoms	8108
残基数 n_residues	1020
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.0 Å
Rg (实空间) rg_real	34.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	200100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8880
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.299
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.582
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.707

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	endo-1,3-fucanase
分子量 formula_weight	59855.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.211
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9622

MGMFLFTHKTSAQNIENLSIHQSPTEALDSTFFHHVPLKDYGNLITPSNNTTFTTNYEPSGSSWGEVLDEQNVYLARLKHISNSNNTWDLRIGKGGQIYSFIGPYGEGVPPSSKSHSQWNDEVWQPVSVSGSLNNGDQNDELKEGATNAGLKYFIHGAGTYLTEGLDTPFYSPLMASYYNPTEKAYYVTNWGAQAHLPSLFKSGVLYTTKYKDIGEGILEVTYVIENFGTDTLDHLNIPWGGVRSSSLRGKFVSRPGGDIEIIYGQTGTDNAGDLEDIDATGGYVIYAQDTLSASSPALGIVFGDKILTEEFSDHDLTRIYYRSAQVGGDTNPRDYTLFTTIAKIDVKPKDIFYYRIYYINGTREEVQEKANKIKSEVAYGFITPTIENTSMVTIKNEELDDALNQDIQLFTSPVKGMVPIFLMRNTTTGKEYISPDLYYDIDTFPFSNPYEEDSPKYETYQNRITYRQYNGKIEYIRLLGYASNEDLSNEETQYTLLDNLIVDNTKVVLTTEYLNKLWVPLYHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Wenyingzhuangia sp. OF219
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1899020
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1514

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.176 Å
晶胞边长 b length_b	70.496 Å
晶胞边长 c length_c	103.003 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	28.220 Å
R 因子 r_factor	0.1552
R_work r_work	0.1546
R_free r_free	0.1911

fit	/app/data/saxs_computation/jd/8jd7/8jd7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jd/8jd7/8jd7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jd/8jd7/8jd7.dat

endo-1,3-fucanase GH174A

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)