8jg7

Serine decarboxylase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 123.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jg7
沉积日期 deposition_date	2023-05-19
结构标题 title	Serine decarboxylase
关键词 keywords	PLP, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.01 Å
零角强度 I(0) i0	525837000.00
分子量 molecular_weight	186540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	232820 Å³
包络体积 envelope_volume	288390 Å³
水化壳体积 shell_volume	62230 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.4 Å
壳层 Rg shell_rg	45.08 Å
包络 Rg envelope_rg	37.66 Å
形状 Rg shape_rg	37.94 Å
总 Rg total_rg	38.62 Å
总原子数 total_atoms	13088
残基数 n_residues	1632
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.1 Å
Rg (实空间) rg_real	38.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	525900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8856
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.280
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.475
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	83630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.715

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine decarboxylase
分子量 formula_weight	47436.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,E
原子数 atom_count	13088

TSLAVTEPEVNDEFTGDKEAYMASVLARYRKTLVERTKNHLGYPYNLDFDYGALGQLQHFSINNLGDPFIESNYGVHSRPFEVGVLDWFARLWEIERDDYWGYITNCGTEGNLHGILVGREMFPDGILYASRESHYSVFKAARMYRMECEKVDTLMSGEIDCDDLRKKLLANKDKPAILNVNIGTTVKGAVDDLDLVIKTLEECGFSHDRFYIHCDGALFGLMMPFVKRAPKVTFNKPIGSVSVSGHKFVGCPMPCGVQITRMEHIKVLSSNVEYLASRDATIMGSRNGHAPLFLWYTLNRKGYKGFQKEVQKCLRNAHYLKDRLREAGISAMLNELSSTVVFERPKDEEFVRRWQLACQGDIAHVVVMPSVTIEKLDNFLKDLVKHRLIWYEDGSQPPCLASEVGTNNCICPAHKAA

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	115.360 Å
晶胞边长 b length_b	149.450 Å
晶胞边长 c length_c	139.126 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	49.390 Å
R 因子 r_factor	0.2159
R_work r_work	0.2135
R_free r_free	0.2618

fit	/app/data/saxs_computation/jg/8jg7/8jg7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jg/8jg7/8jg7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jg/8jg7/8jg7.dat

Serine decarboxylase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction