8ji2

Crystal structure of AetD in complex with 5,7-dibromo-L-tryptophan

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ji2
沉积日期 deposition_date	2023-05-26
结构标题 title	Crystal structure of AetD in complex with 5,7-dibromo-L-tryptophan
关键词 keywords	nitrile synthase, iron-dependent, 5, 7-dibromo-L-tryptophan, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.98 Å
零角强度 I(0) i0	54364200.00
分子量 molecular_weight	56697.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70532 Å³
包络体积 envelope_volume	82966 Å³
水化壳体积 shell_volume	28456 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.52 Å
包络 Rg envelope_rg	24.29 Å
形状 Rg shape_rg	23.93 Å
总 Rg total_rg	24.98 Å
总原子数 total_atoms	3952
残基数 n_residues	472
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.1 Å
Rg (实空间) rg_real	24.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8051
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.452
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	AetD
分子量 formula_weight	28650.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4244

AGAGAGAGAGMKAILQLILEKRQEFEKLPCFEFVRDETISPEERLILYPCIAAFALNFRDLNRYDYRDDNSSDYYQKIINIHTQEDAKHWEWFLNDLELLGFDKTMRFSEALRFVWSDDLLHTRRLCHNIAVLSHDLEPVMKMVVIEAMETAGLVIFHALAKPGESIAKATRRKYLYVADSHVEVETGHAVGTENIITILEQTQLSSEQEEKAKEIVNKVFQWSTNLIGEFERYVKAHRSEKAQPTAAY

来源 Source

来源生物 organism	Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2712845
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-2-azanyl-3-[5,7-bis(bromanyl)-1H-indol-3-yl]propanoic acid
分子量 formula_weight	362.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	292

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.227 Å
晶胞边长 b length_b	65.227 Å
晶胞边长 c length_c	116.859 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	22.640 Å
R 因子 r_factor	0.1737
R_work r_work	0.1714
R_free r_free	0.2195

fit	/app/data/saxs_computation/ji/8ji2/8ji2.fit
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