8jjr

Cryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 199.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jjr
沉积日期 deposition_date	2023-05-31
结构标题 title	Cryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I
关键词 keywords	Symbiodinium, Photosystem I, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.55 Å
零角强度 I(0) i0	5450640000.00
分子量 molecular_weight	786340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1041800 Å³
包络体积 envelope_volume	1290100 Å³
水化壳体积 shell_volume	165960 Å³
包络直径 envelope_diameter	227.2 Å
壳层 Rg shell_rg	67.87 Å
包络 Rg envelope_rg	62.01 Å
形状 Rg shape_rg	61.60 Å
总 Rg total_rg	61.45 Å
总原子数 total_atoms	55980
残基数 n_residues	5073
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	199.8 Å
Rg (实空间) rg_real	61.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5210e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5451000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8486
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	71.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.414
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.132
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0059
最高正则化参数 α highest_alpha	890200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.516

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (39)

Entity 1 polymer

描述 description	PCPI-7
分子量 formula_weight	27129.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	55980

MLAYGGIVTTAVLTQEKWPFFDAVVNAVPDNKQVRAPATFCGGAAPRSVSRTACHASSSKSLPFLPKPQNLGGLAGGDAEFDPLGFSDTFDVKWLRESELKHGRVCMLATVGFVAEQYIQFPGFTPAEDALQAIYTAPPNITALLLFACGYIESSAYDGKLTMLDMFDGEGAKRAPGDLNFGKRFLPGDKAAADDLATKELSNGRLAMLAFAGMVHHNLVVKGPLFPLFPEGWAGPQGSWDLDSTAGALNSGSLGL

Entity 2 polymer

描述 description	PCPI-1
分子量 formula_weight	28182.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MARVAALALSAGGLAFVVPRSSTSTSSLRGVSVSAPAAEPTSSASWGAAAATATAALGLAAASATSATRRTARKAVGVCLPLTDKFDPLNLASTDEKLERYTQVEIKHGRVAMIAVVGYIMPEIFRFPGCESFQHGLAALESIPLEGWVQLAALVGAHEVLVKPRAGGLGTSDFGLGTELLDGIEEPELERKLTAERNNGRLAMVAIMGLMVQDGMFGEPPLSYMSKNGWWGEGVQYFVQHLNNCQSFSGSFVDNAGVCALPSRQGRTA

Entity 3 polymer

描述 description	PCP-11
分子量 formula_weight	21707.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ATKLSEGPFIETETYPAPKEMEMSAAVPFLRYPQVLKGWVGEEKGFDPLGVTDALPVYWVREAELKHGRVCMLATVGWIATDLGMRFPGDQFQSVQTTLEAHDKMVEAGLMAPFLGAVGTFELYSLWLFFKGWEMEVNRDAGDFFLGKQFLPKEPAKEKDMRLKELENGRLAMFAFSGIVTQAAMTGQAWPFM

Entity 4 polymer

描述 description	PCPI-6
分子量 formula_weight	19572.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GGYKMSPAVPFLPMSPALEGIPGEEEGFDPMGFSLAIDIRWLREAELKHGRVAMLATVGWIATDLGLRVPGEPFQVSTVEAHDAMVKFGSMPQMLVWMGYAELFGFLAIVNMFEGKTDRKPGDFGLRGFYPQDAKGQYDMQVKELRNGRLAMLAYGGIVTTAVLTQEKWPFFDAVVN

Entity 5 polymer

描述 description	PCPI-5
分子量 formula_weight	26752.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAVAAGLLALPAFVPSSLTGAQAPAAPALRGNSQGSAGAGSASVGIAGAACAVLGAAALRRGVAARKALRRELAIAYEDSGIDLLDNGKFCQGLAGADGAWGRYEFDPLGFSKKTELVPYFREAELKHGRLAMLAWVGMVVPDFVRIPGEKFSFEAVPLPIDGHDAFSGATGVNAQILFWVGILEFCCAKKVFEWNSLEVAGDYGLTKFFPSDEEGQKKMRTAELKNGRLAMLAFGGAITQAVITRHPFPWLY

Entity 6 polymer

描述 description	PCPI-8
分子量 formula_weight	30544.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MEVAFLTPIATNVASSVAPAHAGKAPGPPGPAGASFGLTAAFGVAAALGLASRKRVQRAAQEMATLPKHMQPVDTADYPVYKPGPSGVPKLPQLVGDWGVPLPGSYKACLTMVGPDVETACEVGKPWDPLGLSKLYDRNFDFNGNMTYPHVQWLRESELKHGRCAMLAIVGIFAQQSFHIDGYPEAPWYEALKACYDNPAGIVGFGIAQISAFAMVIEGAYFPKDSWIGQMDREPGDLGFDPLKLAKDAESMKSMQLKELKNGRLAMMAFMSCVVGHYVPGSVPGV

Entity 7 polymer

描述 description	PCPI-4
分子量 formula_weight	24445.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MLGLAGAGAVTAASMGVSQRQRVVRRAEFAAGMAGSKLHGWGEYQFDPAGFATSYPELLGWFRESELKHGRVAMLAYVGLIVPDAFRLPFEEVQDSSLDLLSAHNKLIGPGLGEGPMWWLLLACGVIESFRFKQVGLAFESLTTENAGDLGLRMFAPSSAEGMESMKMKELKNGRLAMLAIGGALTQGVLFNAHHFPFMSALRSEKQSGIGSRSTMVGTAASMGVSQR

Entity 8 polymer

描述 description	PCPI-10
分子量 formula_weight	27998.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MALGAAAAAYLGSSAVQAFLAPSAPSPALRGAPGTSGTSASASSSGFSATSFGATAVATAALALARRGRGLVPRAAEAEPFAGGLIGGESAFAGQDFNFDPLGLATKCEKFLPWFREAELKHGRIAMLAWVGLVAPEFVRIPGPEQCYGAKTVVEAHNACAGDPYFPFIIDATDFYGKDGHQVGPLFQVFAFCGAVEMLTTFAKTANVSNKPGLTLANAGDYRLGANFLPEDEAKAKEMKLKELKNGRLAMLAFGGAITQATLTGNGFPWL

Entity 9 polymer

描述 description	PCPI-3
分子量 formula_weight	27409.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MFFQDGLTGSAWGDWALYTDSPLRALTPAQESIAGTGGPFPENFWDPAGITSKKSKEEILELRAIELKHGRVAMLAVLGWFHVAAGFHIIGDLATGTYLDNNPLVSVTQLPMGGMWQTVFFIMCLEWVSTYVCPPPKSKPWDILGWSDILLEDEDNYWNQFRKAEVQELNNGRLAMMAIVGLIVQDIFFGDFGEVKVCFSSQTCQDIGDYLPGWTGPLPPVAYDFPPLYPAPEVPYTGYQAPLKLM

Entity 10 polymer

描述 description	PCPI-9
分子量 formula_weight	22091.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MAIIGMFFQDGLTGSAWGDWANYTDSPLRAFEGELGVQAPVGYFDPLGLSKDGDVETFRRRRESELKNGRVAMFATIGYMVPEYFKFPGYLAPSASLKFADVPNGIQAITKVPAEGWLQWVALCGCYELCVNQPVDAADPGNYGKGKLGYGNMVLGITAESISDPEARKRGLNSELANGRLAMMAIMGLWVQDGLFGTPYGLY

Entity 11 polymer

描述 description	PCPI-13
分子量 formula_weight	23286.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MLAIAGCGLSYQAFVQTAGSSHGAPTQALRGNASQATRTNLSSASVSAAASITGLAVLGASRARGDKVRRCAEFNGADMPGATAPLGWFDPLGLGKTEERFNKMRAAELKHGRVAMMASLGCVVQHWAKFPGFESAPAGLGALSNPAALGGMGALFLGCGVLELGFWSDEAAKEPGNFGDPANFSAEYGAYSKEFRDKEINHGRMAMMAIIGQLSAEAVTGMDAAQ

Entity 12 polymer

描述 description	PCPI-12
分子量 formula_weight	21882.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MAIIGQLSAEAVTGMDAAQQAGLAAVARPRQIQSSSAFVGAASIAPKRLTARRAFDASQEAGVTAPLGYFDPAGFVQDEESFLNLRRAEIKHGRVAMMAALGLLVQSLIKLPGFDSVPAGLGAQWTAPGDAGLWTVVVLCGFFETGLNQWREDPKQPGNFGDPMNLGNYTMEMRNKELNNGRIAMFAVMGIISAEIYTGNVAVAQF

Entity 13 polymer

描述 description	PCPI-2
分子量 formula_weight	15403.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

SETFRRRRISEIKNGRVAMIACMGYIAPEYFRWPGYCSPSTDLKFADIPNGIQALYKMPAEAWAQIGVFIAFLELFPMRQEKDALPGDAPNFGRLGVPFFSSKADPEKNRRGLEAEINNGRLAMVAITGMISQNAFF

Entity 14 polymer

描述 description	PsaA
分子量 formula_weight	76579.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

AIFRYVNATLWSKAGHFNKALSKGAKTTTWIWNLHASAHDFDIQQGSAGLIARKVFSSGLAHLSLVFFWLGGMHFHGAYLSNYSAWLKDPKSVAPSSHIAYSLVGQDILNSYTSQYFSGITITSGFFQLYRSEGIVTQSQLKYACAASLIATLICLSGSYLHMQLMSKFTSFYKKFQSLSQSHLIIMFGFGSVSFSAHQIHEALPINSLLDSGIWDPQLFSAITGKSTMAILLGTPSAITGKLLNPSTGSIFLSQVAAHHLAVGIVFITLGLIKWCNLFFSRNAILSLRLAYMDYHAQLSINLAVWASLSMVAAHHLTEIPVYPYESTDYPTVLCLFVHHACLSGFFTVASGAHASIFVIRQLPTSEIRHRDPIIGHLIWVCIALGLHSFGLYCHNDTLEALGRPEDTFCDNSIQLKPIFAKQFLGLQPGIEVLDGKIVRMTQELGTADFMVHHIHAFTIHVTLLILLKGVLYARNSRLVSDKLELGFAYPCDGPGRGGTCQISPWDHLFLAVFWMYNCLSVVIFHYFWKMQSDVWGSYVHLSQHLQLHCCSSLAHSSLTCSHYSQGDFSVNSITINGWLRNLLWSEASQVIQSYALPSICSYGFIFLAAHFVWAFSLMFLFSGRAYWQELIESILWSHHKLKIVPHIQPRALSISQGRAVGLTHYVLGGIGCTWAFIISRMLVLTT

Entity 15 polymer

描述 description	PsaB
分子量 formula_weight	74857.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MSFNGRCATSRYLQVMGSIHDIESYFALDNTLSLNLQIFTAHWGHLAIILMWISGNLYHIASNANYSLWIKNPIPSMPIAHNIWDPHFTSSTSTPYSHTTTAAVLIAYSGIYNQLYTSGFSTVNQIYKATFAFSCLAVISILLAKIHIRTHSEVLHNSATHASQIPSFFQLLYFLDVGISSINIRLNFHTGVLVGFFSIAYTGHLLDVAIPASRAPLSHTSLSYLTFFGGLKSDTASLYLTDIAHHHLAIGVIFVYIGHLYSSCSTALGTYIRDMLYTSAIYMFQIKSLHLALSLALAGCAVLTSATAQHIYSLTPYFYLSYDYVTSVTLYVHHSYIASFLAIASHAHAAITLVRDWVAPLELESSCTIARIHTHKAAIISHLSWVSLWLGFHTLAIYSHNDTNMAFGSPSKQILIEPTNAQLIQESSGKALYSFAINSLANYNKSFGSFIYPIGPGDLYVHHAIALGLHVTVLILLKGALEARGSKLMPDKMEHSFGFSCDGPGRGGTCDISAWDCFYLAMFWMLNTNAWIDFYFHYKYLAPRQFSESSTYLESWFRDYLWFNSAPLIRAYSALGTNDLSVQAWFFLLTHLAWATGFMFLISWRGYWQELIDIILYMHLKTPILIDLWNGGVYTPLALSIVQARFIGLVHFTAGLILTYPPFIISTTS

Entity 16 polymer

描述 description	PsaC
分子量 formula_weight	16733.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MSRLLMIAACAGLAARYVPQAFVPGLAQGAAPSTPHASFAEGKSTGALAGFAAVSCAIGAGAAAVQSRAARMARRSHAVKIYDTCIGCTLCVRACPTDVLEMVPATVNAAKQVASSPRVEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLQENEETQYSLGLDLADWS

Entity 17 polymer

描述 description	PsaD
分子量 formula_weight	32748.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MASRGVGVAAVAVFGLATVAFVAPSSGARRLRAPVAQPAAFGASAPSGTSGLWTACSLGGVVLAVGAAVTRRAESKEIVVESIPRPEDLLESPKFPMFEGSTGGYMSRSTRERHAITWTAKDQNKFEMPTGGFAIMNKGENLCYFRKKEQCISLGKQLRKMKIENYKIYRLKKDGTVIFMHPADGVFPEKVNKGRVQVNGRPFTIRGNPQQSELKWTKYHMKSYEADPLTTLFIKARVMAFQDIPNLFALPQPNMEEMVPVEEVGEYTKQEYTTRLMEALKRVQDDRKAKEAKSL

Entity 18 polymer

描述 description	PsaE
分子量 formula_weight	13089.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MARVRSLALLLAAAYALAPCFVGSAAALDGSRLGATARSAEAKKKAKAPWVGPKKGSWVKVLRPESYWYQTRGQVVNVNQKPEIKYPVTVKFDRVNFSNVNTNGFALWEVIEAPAPGPGEV

Entity 19 polymer

描述 description	PsaF
分子量 formula_weight	29733.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MARPGSALLCVAAATVLVAAAVAFVGSPAGTHAPSTGRSVELGSRALPPAAESAAASGEAAAEQSGAESFMKWTAAGLLAGLVMAVSSSTPASALPKPTDMFGGVDIDLENTPEHWTIKASKRLELCKDNKAYKKKFKDELYKTEKQQKKYATGSAVYARFNKKIAQIKNRQEAYGDRLCGKQDGNPRVVATGEWNVRASVMWPASIFLYTAGWIGWAGRSYLIRTNDETKELNIDVPLALTCMASGFSWPVAAWQEIVNGEMAVPSSQIHPGGPYTQS

Entity 20 polymer

描述 description	PsaI
分子量 formula_weight	19725.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MARPGRMLLVALAAVLGLSYCFLSSPEKLPKAKGVDFNAAVAASAALPALTMLAEDAEAKYGDNRKWSAVLVPLTTLVFPAVAMGSFVLYSFQEDAFWRLVPGTKRAAEAEKAWREHPLFKDSKDPMFGLLNPDDYEKGLEEAWERAKPAGSTVTVKDKLKQLSKQDSPHWESWRSLSA

Entity 21 polymer

描述 description	PsaJ
分子量 formula_weight	15832.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MARFTNLILVAACVLLGNRFYTLLFANAPSQNLRSHVAVRAVDERDEGLVLITPEESGKVVKRDVNNNPPRIVMKTNDWDQPEIQLSTGASNQINYITPVVASDDIKAWLSLNVNFFSILALLTVGGIIEIQRFFPDTLYW

Entity 22 polymer

描述 description	PsaL
分子量 formula_weight	38708.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

MRDFASVSTALTLAAVCACTVLLTGDVLAFTAGVSRGPQLPPHATGASSLAGSSMPFASAQEVMGAKGVVCFGMGFGVLLALSRGLSQSRVSCKAEGSDIAVKEKADISKIAYLQDVPRTILEADVLEKLLMNTPRDQWEDPPEDTYLYTLKTFAEVYGPGKATKMGWWDYFRLKLDLPPGFELLDEDEMKVAADYDKLMMEGKIPFAVPGPAGFWYTGAVIQWKGKEQFAGDQVQTLTENGRFSKQFLANLAFYRDGLKPWQRGLEIGMAHGYFLIGPFTSLGPLRNTPEAATVGLLCGCAIVGLVSIGGLIFGSTIKPTRFDKEGDKPASGFIEMINWHAIGGLGGAGFAHALITVFGS

Entity 23 polymer

描述 description	PsaM
分子量 formula_weight	14969.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MARSPLILCLVAAAVMLVAPRAFVSSPKSQNAAALTAGVAAGSMVMPAWAYDQQMMDAQLLLARVPGGKRTKELGLVVPIPEEDGLTDGQIAALFVVALVVLIAAVDLARSLYFGLQPNKFKTAKGKGSITPFMKRLIENGF

Entity 24 polymer

描述 description	PsaR
分子量 formula_weight	17253.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	r

MGLAAAWRARSSTAAGAEGGAYKETPADERLFEQVYLQYTSEYMKGPMYWHKDKLQGSLPDYPGRPMIRDGKYTPYVLGNLKSFSSNELAFLSMLFFGVGLYGNLQFNYYDPQWAKVDAGGYFNVSYIVESLLLPISFFMHIACYIQKQNGK

Entity 25 polymer

描述 description	PsaT
分子量 formula_weight	13400.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	x

MSRRAGSVVVLGALACLVWGPSFTGSVPRRQESALARMASSKWVNPEDPEMSHPSGLYVLPLKPAKPQENYIYTWKKGEDGSIEDYVKTPFKGPERAADYYTQRKGNGAWDHWGPQGEGEA

Entity 26 polymer

描述 description	PsaU
分子量 formula_weight	24303.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	y

MARSLAVAALIAVAGGLAFVPGAIPRGTTAPPSRALQAAPAAESSWGSLPTLVGGMALGVFFSLATLAPVRAEEAPATPAPTPAEQAPTPAPGPSDEEILAKGCDIRVDCTTKEQQFAWAKAYYRKYNQETDGKDPKYSKPSTGAGVFRKFKIDWPNPDPSIPDTTDGTYPIRNEDFLPIWKQQQEDLRAKMKEYIGREFTEIRWIGDYDNARSPYKPHNGYY

Entity 27 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	196

Entity 28 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c2
分子量 formula_weight	608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 29 non-polymer

描述 description	;[(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]cyclohexyl] ethanoate ;
分子量 formula_weight	642.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 30 non-polymer

描述 description	(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
分子量 formula_weight	582.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	41

Entity 31 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 32 non-polymer

描述 description	PERIDININ
分子量 formula_weight	630.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 33 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 34 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 35 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 36 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 37 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 38 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 39 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	161863

fit	/app/data/saxs_computation/jj/8jjr/8jjr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jj/8jjr/8jjr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jj/8jjr/8jjr.dat

Cryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (39)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer

Entity 25 polymer

聚合体 Polymer

Entity 26 polymer

聚合体 Polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 non-polymer

Entity 37 non-polymer

Entity 38 non-polymer

Entity 39 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)