8jm4

;Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A from Prunus communis complexed with 2-methyl-4H-benzo[d][1,3]dioxine-6-carbaldehyde ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jm4
沉积日期 deposition_date	2023-06-04
结构标题 title	;Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A from Prunus communis complexed with 2-methyl-4H-benzo[d][1,3]dioxine-6-carbaldehyde ;
关键词 keywords	Hydroxynitrile lyase, FAD, hydrocynanation, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.32 Å
零角强度 I(0) i0	55354600.00
分子量 molecular_weight	58222.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72783 Å³
包络体积 envelope_volume	81162 Å³
水化壳体积 shell_volume	29282 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.6 Å
壳层 Rg shell_rg	30.34 Å
包络 Rg envelope_rg	22.73 Å
形状 Rg shape_rg	22.30 Å
总 Rg total_rg	23.25 Å
总原子数 total_atoms	4113
残基数 n_residues	514
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8718
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.314
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.201
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.783; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	(R)-mandelonitrile lyase
分子量 formula_weight	58972.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.10
突变 mutation	L331A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4515

IDHHHHHHLANTSAHDFSYLKFVYNATDTSLEGSYDYIVIGGGTSGCPLAATLSEKYKVLLLERGTIATEYPNTLTADGFAYNLQQQDDGKTPVERFVSEDGIDNVRARILGGTTIINAGVYARANISFYSQTGIEWDLDLVNKTYEWVEDAIVVKPNNQSWQSVIGEGFLEAGILPDNGFSLDHEAGTRLTGSTFDNNGTRHAADELLNKGDPNNLLVAVQASVEKILFSSNTSNLSAIGVIYTDSDGNSHQAFVRGNGEVIVSAGTIGTPQLLLLSGVGPESYLSSLNITVVQPNPYVGQFVYDNPRNFINILPPNPIEASVVTVLGIRSDYYQVSASSLPFSTPPFSLFPTTSYPLPNSTFAHIVSQVPGPLSHGSVTLNSSSDVRIAPNIKFNYYSNSTDLANCVSGMKKLGDLLRTKALEPYKARDVLGIDGFNYLGVPLPENQTDDASFETFCLDNVASYWHYHGGSLVGKVLDDSFRVMGIKALRVVDASTFPYEPNSHPQGFYLMLGRYVGLQILQERSIRLEAIHNIQESM

来源 Source

来源生物 organism	Prunus dulcis
通用名 common_name	almond
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3755
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 non-polymer

描述 description	(2S)-2-methyl-4H-1,3-benzodioxine-6-carbaldehyde
分子量 formula_weight	178.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	389

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.519 Å
晶胞边长 b length_b	90.968 Å
晶胞边长 c length_c	130.493 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	33.520 Å
R 因子 r_factor	0.1854
R_work r_work	0.1838
R_free r_free	0.2142

fit	/app/data/saxs_computation/jm/8jm4/8jm4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jm/8jm4/8jm4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jm/8jm4/8jm4.dat