8jn6

;Cryo-EM structure of the small tail club shape particle of dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 140.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jn6
沉积日期 deposition_date	2023-06-06
结构标题 title	;Cryo-EM structure of the small tail club shape particle of dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C ;
关键词 keywords	dengue virus, human antibody, dengue-antibody structure, virus, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.86 Å
零角强度 I(0) i0	189782000.00
分子量 molecular_weight	112260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137060 Å³
包络体积 envelope_volume	120700 Å³
水化壳体积 shell_volume	29445 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.05 Å
包络 Rg envelope_rg	38.81 Å
形状 Rg shape_rg	41.05 Å
总 Rg total_rg	40.74 Å
总原子数 total_atoms	—
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	189700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8318
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	137.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.580
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.031
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7141000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.767; Smooth: 0.609

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Polyprotein (Fragment)
分子量 formula_weight	53730.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E
原子数 atom_count	1256

MRCVGVGNRDFVEGLSGATWVDVVLEHGGCVTTMAKNKPTLDIELQKTEATQLATLRKLCIEGKITNITTDSRCPTQGEAILPEEQDQNYVCKHTYVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFQCLESIEGKVVQHENLKYTVIITVHTGDQHQVGNETQGVTAEITPQASTVEAILPEYGTLGLECSPRTGLDFNEMILLTMKNKAWMVHRQWFFDLPLPWTSGATTETPTWNRKELLVTFKNAHAKKQEVVVLGSQEGAMHTALTGATEIQNSGGTSIFAGHLKCRLKMDKLELKGMSYAMCLNTFVLKKEVSETQHGTILIKVEYKGEDAPCKIPFSTEDGQGKAHNGRLITANPVVTKKEEPVNIEAEPPFGESNIVIGIGDKALKINWYKKGSSIGKMFEATARGARRMAILGDTAWDFGSVGGVLNSLGKMVHQIFGSAYTALFSGVSWIMKIGIGVLLTWIGLNSKNTSMSFSCIAIGIITLYLGAVVQA

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus type 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11069
宿主生物 host_organism	Aedes albopictus

Entity 2 polymer

描述 description	Human antibody DENV-290 heavy chain
分子量 formula_weight	13496.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVELVESGGDVVQPGKSLRLSCAASGFTFTNYAMHWLRQAPGKGLEWVAVISSDVNDKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLTPEDTAVYYCAREQAVGTNPWAFDYWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Human antibody DENV-290 light chain
分子量 formula_weight	12382.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

HIVMTQSPLSLSVTPGQPASISCKSSQISSWGSDGKTYLYWYLQKPGQSPQLLIYEVSSRFSGVSDRFSGSGSGTDFTLKISRVQAEDVGLYYCMQGLHLPLTFGQGTRLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	9.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	12156

fit	/app/data/saxs_computation/jn/8jn6/8jn6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jn/8jn6/8jn6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jn/8jn6/8jn6.dat

;Cryo-EM structure of the small tail club shape particle of dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)