8jnc

Crystal structure of cytochrome P450 IkaD from Streptomyces sp. ZJ306, in complex with the substrate 10-epi-maltophilin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jnc
沉积日期 deposition_date	2023-06-06
结构标题 title	Crystal structure of cytochrome P450 IkaD from Streptomyces sp. ZJ306, in complex with the substrate 10-epi-maltophilin
关键词 keywords	hydroxylation, polycyclic tetramate macrolactam, OXIDOREDUCTASE, cytochrome P450; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.80 Å
零角强度 I(0) i0	126821000.00
分子量 molecular_weight	89040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111420 Å³
包络体积 envelope_volume	130930 Å³
水化壳体积 shell_volume	39318 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.9 Å
壳层 Rg shell_rg	35.39 Å
包络 Rg envelope_rg	26.80 Å
形状 Rg shape_rg	26.80 Å
总 Rg total_rg	27.60 Å
总原子数 total_atoms	12375
残基数 n_residues	781
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	126800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9008
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.198
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.431
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.931

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome P450
分子量 formula_weight	45887.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13222

MPGQQEQQAPSEHPEQQELLTFPFASTGLEFPPVYHELYQQRLTKVRLPYGDDAYLAIRYADVKTVLSDSRFSIVASLGQDQPRTRAGARVGNGLFSLDPPQHSRLRSVLGRDFTPRRVEKLRERVRELTDQCLDRMEAAGSPADLVAHLAVPMPTAVVCEMMGVPEPDHHLFWGWAETILSNDTTPDDLIRRYQEFTAYMGAMVEERRARPTDDMFGMLVRACDEEGRITEIEMHALASDLLSAGFVSTAHQIANFTAMLLARPERLQPLVDKPEQIPAAVEELMRHVPILSGFSFPRYATEDLEMSGVTVRRGEAVIPVIAAANRDPDVYPDAGRLDLERNGLPHLGFGQGPHFCIGAHLARVELQVVLEALTERFPDLRFGIPENALKWKRGHFMNGLHELPVAW

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces sp. ZJ306
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1469403
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(1Z,3E,5S,8R,9S,10S,11R,13R,15R,16S,18Z,24S,25S)-11-ethyl-2,24-dihydroxy-10-methyl-21,26-diazapentacyclo[23.2.1.09,13.08,15.05,16]octacosa-1(2),3,18-triene-7,20,27,28-tetraone ;
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	847

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.895 Å
晶胞边长 b length_b	81.948 Å
晶胞边长 c length_c	143.838 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	13.290 Å
R 因子 r_factor	0.1912
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2331

fit	/app/data/saxs_computation/jn/8jnc/8jnc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jn/8jnc/8jnc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jn/8jnc/8jnc.dat