8jr1

Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase Fo in complex with TBAJ-587

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 92.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jr1
沉积日期 deposition_date	2023-06-15
结构标题 title	Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase Fo in complex with TBAJ-587
关键词 keywords	ATP synthase, Mycobacterium tuberculosis, cryo-EM, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.70 Å
零角强度 I(0) i0	132789000.00
分子量 molecular_weight	100720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129860 Å³
包络体积 envelope_volume	152960 Å³
水化壳体积 shell_volume	43740 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.89 Å
包络 Rg envelope_rg	27.94 Å
形状 Rg shape_rg	27.68 Å
总 Rg total_rg	28.71 Å
总原子数 total_atoms	7089
残基数 n_residues	949
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.3 Å
Rg (实空间) rg_real	28.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8855
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.203
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit c
分子量 formula_weight	8058.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4,5,6,7,8,9
原子数 atom_count	7089

MDPTIAAGALIGGGLIMAGGAIGAGIGDGVAGNALISGVARQPEAQGRLFTPFFITVGLVEAAYFINLAFMALFVFATPVK

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit a
分子量 formula_weight	27488.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MTETILAAQIEVGEHHTATWLGMTVNTDTVLSTAIAGLIVIALAFYLRAKVTSTDVPGGVQLFFEAITIQMRNQVESAIGMRIAPFVLPLAVTIFVFILISNWLAVLPVQYTDKHGHTTELLKSAAADINYVLALALFVFVCYHTAGIWRRGIVGHPIKLLKGHVTLLAPINLVEEVAKPISLSLRLFGNIFAGGILVALIALFPPYIMWAPNAIWKAFDLFVGAIQAFIFALLTILYFSQAMELEEEHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(1~{S},2~{S})-1-(6-bromanyl-2-methoxy-quinolin-3-yl)-2-(2,6-dimethoxypyridin-4-yl)-4-(dimethylamino)-1-(2-fluoranyl-3-methoxy-phenyl)butan-2-ol ;
分子量 formula_weight	614.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.17 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	81528

fit	/app/data/saxs_computation/jr/8jr1/8jr1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jr/8jr1/8jr1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jr/8jr1/8jr1.dat

Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase Fo in complex with TBAJ-587

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)