8jur

Crystal structure of Chitoporin from Vibrio harveyi in complex with gentamicin c1a (multiple binding sites)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jur
沉积日期 deposition_date	2023-06-27
最后修订 last_revision	2024-07-03
结构标题 title	Crystal structure of Chitoporin from Vibrio harveyi in complex with gentamicin c1a (multiple binding sites)
关键词 keywords	Outer-membrane protein, Sugar-specific porin, Marine bacteria, Chitooligosacharide, Porin, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.88 Å
零角强度 I(0) i0	224539000.00
分子量 molecular_weight	115690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	142410 Å³
包络体积 envelope_volume	182180 Å³
水化壳体积 shell_volume	47110 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.98 Å
包络 Rg envelope_rg	30.42 Å
形状 Rg shape_rg	30.88 Å
总 Rg total_rg	31.61 Å
总原子数 total_atoms	8184
残基数 n_residues	1050
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	224600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9105
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.005
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.669
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.933

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Chitoporin
分子量 formula_weight	38535.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	8198

DGANSDAAKEYLTKDSFSYEVYGIIAMQAAYRDYDSGDAKQDDNLGGMQLNNESRIGFRGKKQFANFEPTFIWQIEGGYVDPSFGGEGAGLGERDTFVGFESASWGQVRLGRVLTPMYELVDWPASNPGLGDVYDWGGAIGGAKYQDRQSNTIRWDSPMYADKFSIDAAVGAGDKAGLGAGDDYWGGIAAHYKLGPLQLDAAYEGNRNIEAEGQTWENNTYLVGVQGWFENGISFFAQYKYMEADASNGVNEKQDAMSAGLMYTTGDWQYKLGYAANFDLERDGKTLSNTSDDVVSAQIMYFVDPSAVLYARARMNDFNEGLDGLDDAARWTSGTNGDYNEYSVGVEYYF

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio harveyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	669
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ;
分子量 formula_weight	449.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.326 Å
晶胞边长 b length_b	134.103 Å
晶胞边长 c length_c	145.787 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.920 Å
最低分辨率 resolution_low	20.160 Å
R 因子 r_factor	0.2057
R_work r_work	0.2025
R_free r_free	0.2660

fit	/app/data/saxs_computation/ju/8jur/8jur.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ju/8jur/8jur.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ju/8jur/8jur.dat

Crystal structure of Chitoporin from Vibrio harveyi in complex with gentamicin c1a (multiple binding sites)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction