8jv4

Structure of the SAR11 PotD in complex with DMSP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jv4
沉积日期 deposition_date	2023-06-27
结构标题 title	Structure of the SAR11 PotD in complex with DMSP
关键词 keywords	;PotD, substrate binding protein, solute-binding protein, periplasmic binding protein, ABC transporter system receptor, osmolyte, compatible solute, betaine, DMSP, GABA, amino acid, SAR11, Candidatus Pelagibacter sp. HTCC7211, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.12 Å
零角强度 I(0) i0	27194300.00
分子量 molecular_weight	40164.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50243 Å³
包络体积 envelope_volume	56716 Å³
水化壳体积 shell_volume	23026 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.5 Å
壳层 Rg shell_rg	27.27 Å
包络 Rg envelope_rg	20.61 Å
形状 Rg shape_rg	20.09 Å
总 Rg total_rg	21.11 Å
总原子数 total_atoms	2824
残基数 n_residues	360
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8186
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.356
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6992000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein
分子量 formula_weight	39442.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3246

MGAVTVVSWGGAYTESQKLGYGDPTAAKLGIPVNWVDYTGGLSEIKAQKEAGAITWDIMDVYAKDTIIGCDEGIFHEFDFDKDFLPAPDGTPASQDFFTSMPSKCAVGNILYSWNFAYNDAKIGDKKPKSIKDFFNTKKFPGKRAIYKGAMSNLEIALVADGVKASGAQAGGDLLYRKMEGAGIDRALAKIKKLCTDPNGGCVFWNAGAQPPELLANGEVVMATGWNGRFFNAQMEGTPLVQVWDAQILDYEYFALVKDGPGYADGSAMKVLAEMTSTEGLAGSAKYIAYAPWRKSSIAIMEAGEPWFKDGKTNMVPHMPTAPSNLKSHILMNPDYWADNQDEINEKWEAMKAGLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pelagibacter sp. (strain HTCC7211)
通用名 common_name	Candidatus Pelagibacter sp. HTCC7211
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	439493
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	3-(dimethyl-lambda~4~-sulfanyl)propanoic acid
分子量 formula_weight	136.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	416

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.160 Å
晶胞边长 b length_b	78.383 Å
晶胞边长 c length_c	79.453 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.445 Å
最低分辨率 resolution_low	26.295 Å
R 因子 r_factor	0.1230
R_work r_work	0.1217
R_free r_free	0.1468

fit	/app/data/saxs_computation/jv/8jv4/8jv4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jv/8jv4/8jv4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jv/8jv4/8jv4.dat