SAXSdb — 8jwz

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jwz
沉积日期 deposition_date	2023-06-29
结构标题 title	Crystal structure of A2AR-T4L in complex with AB928
关键词 keywords	adenosine receptor, inhibitor, complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.37 Å
零角强度 I(0) i0	37908800.00
分子量 molecular_weight	55915.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73568 Å³
包络体积 envelope_volume	88671 Å³
水化壳体积 shell_volume	27031 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.17 Å
包络 Rg envelope_rg	29.46 Å
形状 Rg shape_rg	29.34 Å
总 Rg total_rg	30.04 Å
总原子数 total_atoms	3939
残基数 n_residues	450
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8473
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.450
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	5481000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.672; Smooth: 0.841

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Adenosine receptor A2a,Endolysin
分子量 formula_weight	54059.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	C54T,C97A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4191

DYKDDDDGAPIMGSSVYITVELAIAVLAILGNVLVCWAVWLNSNLQNVTNYFVVSLAAADIAVGVLAIPFAITISTGFCAACHGCLFIACFVLVLTQSSIFSLLAIAIDRYIAIRIPLRYNGLVTGTRAKGIIAICWVLSFAIGLTPMLGWNNCGQPKEGKNHSQGCGEGQVACLFEDVVPMNYMVYFNFFACVLVPLLLMLGVYLRIFLAARRQLNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYRSTLQKEVHAAKSLAIIVGLFALCWLPLHIINCFTFFCPDCSHAPLWLMYLAIVLSHTNSVVNPFIYAYRIREFRQTFRKIIRSHVLRQQEPFKAHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	3-[2-azanyl-6-[1-[[6-(2-oxidanylpropan-2-yl)pyridin-2-yl]methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]pyrimidin-4-yl]-2-methyl-benzenecarbonitrile
分子量 formula_weight	426.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	252

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8jwzA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	46.870 Å
晶胞边长 b length_b	76.200 Å
晶胞边长 c length_c	85.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.370 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1933
R_work r_work	0.1889
R_free r_free	0.2403

fit	/app/data/saxs_computation/jw/8jwz/8jwz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jw/8jwz/8jwz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jw/8jwz/8jwz.dat

Crystal structure of A2AR-T4L in complex with AB928

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution