8jyl

Acyl-ACP Synthetase structure bound to C10-AMS

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 148.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jyl
沉积日期 deposition_date	2023-07-03
结构标题 title	Acyl-ACP Synthetase structure bound to C10-AMS
关键词 keywords	Acyl-ACP synthetase, Tool enzyme, CYTOSOLIC PROTEIN, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.24 Å
零角强度 I(0) i0	1746460000.00
分子量 molecular_weight	360970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	455750 Å³
包络体积 envelope_volume	601300 Å³
水化壳体积 shell_volume	94792 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.8 Å
壳层 Rg shell_rg	60.49 Å
包络 Rg envelope_rg	47.82 Å
形状 Rg shape_rg	49.21 Å
总 Rg total_rg	49.65 Å
总原子数 total_atoms	25434
残基数 n_residues	3162
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.6 Å
Rg (实空间) rg_real	49.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1747000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8350
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.004
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.776
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	1421000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Acyl-acyl carrier protein synthetase
分子量 formula_weight	60383.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	25434

MNQYVNDPSNYQLLIKNLLFSPVAFNPEQEIVYANHRRHSYKTFHDRVRQFANALTKMGVKKGDTVAVMDYDSHRYLECYFAIPMIGAKLHMINVRLSPEQILYTIDHAEDDIILIHEEFLPILDQIKGRIDTVTRYVVLRDDEECEYERLLEQESTEYNFPDFDENTVATTFYTTGTTGFPKGVFFTHRQLVLHTMGILSTIGTNASQGRLHQGDIYMPITPMFHVHAWGLPYMATMLGVKQVYPGKYVPDVLLNLIEQEKVTFSHCVPTILHLLLSSPKSKAMDFSGWKVVIGGAALPKALCKSALERDIDVFAGYGMSETGPILSIVQLTPEQLELDVDQQAEYRSKTGKKVALVEAYIVDEDMNKLPHDGETAGEIVVRAPWLTPNYYKDNKNSKALWRGGYLHTGDVAHIDDEGFIKITDRVKDMIKISGEWVSSLELEDILHQHQSVSEVAVIGMPHNKWGEVPLALVTLKEDAQVTEKELLGFAKDFINKGILAREALLLKVKIVDEIAKTSVGKVDKKELRKLH

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio harveyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	669
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl N-decanoylsulfamate
分子量 formula_weight	500.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	212195

fit	/app/data/saxs_computation/jy/8jyl/8jyl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jy/8jyl/8jyl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jy/8jyl/8jyl.dat