8jyr

Crystal structure of anti-HER2 antibody H2Mab-119 in complex with HER2 domain I

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jyr
沉积日期 deposition_date	2023-07-03
结构标题 title	Crystal structure of anti-HER2 antibody H2Mab-119 in complex with HER2 domain I
关键词 keywords	HER2, antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.72 Å
零角强度 I(0) i0	76804900.00
分子量 molecular_weight	67744.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84026 Å³
包络体积 envelope_volume	108010 Å³
水化壳体积 shell_volume	30838 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.1 Å
壳层 Rg shell_rg	35.93 Å
包络 Rg envelope_rg	31.78 Å
形状 Rg shape_rg	31.68 Å
总 Rg total_rg	32.20 Å
总原子数 total_atoms	4757
残基数 n_residues	603
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	76790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8302
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.573
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	9861000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.735; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.788; Smooth: 0.794

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
分子量 formula_weight	22726.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5232

TQVCTGTDMKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNLELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNGDPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLALTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTASHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	H2Mab-119 VH-CH1
分子量 formula_weight	23821.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EIQLQQSGPELVKPGASVKVSCKASGYAFTSYNMYWVKQSHGKSLEWIGYIDPKHGGTSYNQKFKGKATMTVDKSSNTANMHLNSLTSEDSAVYYCARMNYGSGYAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	H2Mab-119 light chain
分子量 formula_weight	23999.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

NIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDSYGNSFMHWYQQKPGQPPKLLIFLASNLESGVPPRFSGSGSRTDFTLTIDPVEADDAATYYCQQNNEDLRTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	475

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.979 Å
晶胞边长 b length_b	112.291 Å
晶胞边长 c length_c	60.537 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	40.020 Å
R 因子 r_factor	0.1752
R_work r_work	0.1734
R_free r_free	0.2087

fit	/app/data/saxs_computation/jy/8jyr/8jyr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jy/8jyr/8jyr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jy/8jyr/8jyr.dat

Crystal structure of anti-HER2 antibody H2Mab-119 in complex with HER2 domain I

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)