SAXSdb — 8k27

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k27
沉积日期 deposition_date	2023-07-12
结构标题 title	ICP1 Csy-dsDNA complex (partial duplex)
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex, RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA, RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.86 Å
零角强度 I(0) i0	1576270000.00
分子量 molecular_weight	303370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	366650 Å³
包络体积 envelope_volume	575680 Å³
水化壳体积 shell_volume	82654 Å³
包络直径 envelope_diameter	192.9 Å
壳层 Rg shell_rg	63.45 Å
包络 Rg envelope_rg	54.62 Å
形状 Rg shape_rg	56.82 Å
总 Rg total_rg	57.10 Å
总原子数 total_atoms	21183
残基数 n_residues	2530
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	192.5 Å
Rg (实空间) rg_real	57.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1576000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8442
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	85.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.705
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	117800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.655

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Csy1
分子量 formula_weight	20409.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	21183

MIKEMIEDFISKGGLIFTHSGRYTNTNNSCFIFNKNDIGVDTKVDMYTPKSAGIKNEEGENLWQVLNKANMFYRIYSGELGEELQYLLKSCCTAKEDVTTLPQIYFKNGEGYDILVPIGNAHNLISGTEYLWEHKYYNTFTQKLGGSNPQNCTHACNKMRGGFKQFNCTPPQVEDNYNA

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Csy2
分子量 formula_weight	27401.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRKFIIVKNVKVDGINAKSSDITVGMPPATTFCGLGETMSIKTGIVVKAVSYGSVKFEVRGSRFNTSVTKFAWQDRGNGGKANNNSPIQPKPLADGVFTLCFEVEWEDCAEVLVDKVTNFINTARIAGGTIASFNKPFVKVAKDAEELASVKNAMMPCYVVVDCGVEVNIFEDAVNRKLQPMVNGYKKLEKIVDNKHMRDKFTPAYLATPTYTMIGYKMVSNVDNFDQALWQYGENTKVKTIGGIYND

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Csy3
分子量 formula_weight	33399.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C,G,F,E,H

MTKLKAPAVLAYSRKINPTNALMFAVNWSDRDNTTAVMVGTKTVAGTQSVRGNPNDADKGNIQTVNFANLPHNKNTLLVKYNVKFVGDVFKAELGGGEYSNTLQTALENTDFGTLAYRYVYNIAAGRTLWRNRVGAESIETVITVNDQTFTFSDLLVNEFDEDVDVAEIADMVAGVLSGEGFVTLKVEHYMLLGEGSEVFPSQEFVENSKLSKQLFDLNGQAAMHDQKIGNAIRTIDTWYEDATTPIAVEPYGSVVRNGVAYRAGNKTDLFTLMDGAVNGKSLTEEDQMFVTANLIRGGVFGGGKD

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	RNA (60-MER)
分子量 formula_weight	19046.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P

CUUAAAGAGUCAACCCUUUGCUUAUCUUCCCUAUUUAAAUGUUAGCAGCCGCAUAGGCUG

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (49-MER)
分子量 formula_weight	15193.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Q

ATTTAAATAGGGAAGATAAGCAAAGGGTTGACGAAAGCCCTTTGTCCCT

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7713.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	R

AGGGACAAAGGGCTTTCCATTTATT

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	Csy4
分子量 formula_weight	18736.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MYNTISITVVDADDVGVNFVVSKVLSTLHNKGIFNGEVGVTFPRMDKNVGDIITLFSKTGVDRKVLTSTLNTLTDFIHIGKPKEADKVKTYRKVDTKSKGKLIRRCIKRKGVSAETAESLYGNYKGEKCKLPYIVVNSKSTGQRFSMFLEECENSEKFNSYGLCIVSC

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	240070

fit	/app/data/saxs_computation/k2/8k27/8k27.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k2/8k27/8k27.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k2/8k27/8k27.dat

ICP1 Csy-dsDNA complex (partial duplex)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)