SAXSdb — 8k28

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k28
沉积日期 deposition_date	2023-07-12
结构标题 title	ICP1 Csy-dsDNA complex (form 1)
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex, RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA, RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.34 Å
零角强度 I(0) i0	1502610000.00
分子量 molecular_weight	296750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	359430 Å³
包络体积 envelope_volume	518770 Å³
水化壳体积 shell_volume	82535 Å³
包络直径 envelope_diameter	178.9 Å
壳层 Rg shell_rg	58.49 Å
包络 Rg envelope_rg	49.06 Å
形状 Rg shape_rg	50.32 Å
总 Rg total_rg	50.62 Å
总原子数 total_atoms	20740
残基数 n_residues	2516
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	164.9 Å
Rg (实空间) rg_real	51.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5030e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1503000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8738
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	74.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.139
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.525
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	193900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.755

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Csy1
分子量 formula_weight	20409.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	20740

MIKEMIEDFISKGGLIFTHSGRYTNTNNSCFIFNKNDIGVDTKVDMYTPKSAGIKNEEGENLWQVLNKANMFYRIYSGELGEELQYLLKSCCTAKEDVTTLPQIYFKNGEGYDILVPIGNAHNLISGTEYLWEHKYYNTFTQKLGGSNPQNCTHACNKMRGGFKQFNCTPPQVEDNYNA

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Csy2
分子量 formula_weight	27401.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRKFIIVKNVKVDGINAKSSDITVGMPPATTFCGLGETMSIKTGIVVKAVSYGSVKFEVRGSRFNTSVTKFAWQDRGNGGKANNNSPIQPKPLADGVFTLCFEVEWEDCAEVLVDKVTNFINTARIAGGTIASFNKPFVKVAKDAEELASVKNAMMPCYVVVDCGVEVNIFEDAVNRKLQPMVNGYKKLEKIVDNKHMRDKFTPAYLATPTYTMIGYKMVSNVDNFDQALWQYGENTKVKTIGGIYND

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Csy3
分子量 formula_weight	33399.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,G,H

MTKLKAPAVLAYSRKINPTNALMFAVNWSDRDNTTAVMVGTKTVAGTQSVRGNPNDADKGNIQTVNFANLPHNKNTLLVKYNVKFVGDVFKAELGGGEYSNTLQTALENTDFGTLAYRYVYNIAAGRTLWRNRVGAESIETVITVNDQTFTFSDLLVNEFDEDVDVAEIADMVAGVLSGEGFVTLKVEHYMLLGEGSEVFPSQEFVENSKLSKQLFDLNGQAAMHDQKIGNAIRTIDTWYEDATTPIAVEPYGSVVRNGVAYRAGNKTDLFTLMDGAVNGKSLTEEDQMFVTANLIRGGVFGGGKD

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Csy4
分子量 formula_weight	18736.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MYNTISITVVDADDVGVNFVVSKVLSTLHNKGIFNGEVGVTFPRMDKNVGDIITLFSKTGVDRKVLTSTLNTLTDFIHIGKPKEADKVKTYRKVDTKSKGKLIRRCIKRKGVSAETAESLYGNYKGEKCKLPYIVVNSKSTGQRFSMFLEECENSEKFNSYGLCIVSC

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (33-MER)
分子量 formula_weight	10154.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Q

TAAGCAAAGGGTTGACGAAAGCCCTTTGTCCCT

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8330.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	R

AGGGACAAAGGGCTTTCCATTTATTTA

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	RNA (59-MER)
分子量 formula_weight	18701.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P

CUUAAAGAGUCAACCCUUUGCUUAUCUUCCCUAUUUAAAUGUUAGCAGCCGCAUAGGCU

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio phage ICP1_2004_A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	979527
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.54 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	90717

fit	/app/data/saxs_computation/k2/8k28/8k28.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k2/8k28/8k28.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k2/8k28/8k28.dat

ICP1 Csy-dsDNA complex (form 1)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)