8k2k

;Crystal structure of Group 3 Oligosaccharide/Monosaccharide-releasing beta-N-acetylgalactosaminidase NgaDssm in complex with GalNAc-thiazoline ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k2k
沉积日期 deposition_date	2023-07-12
结构标题 title	;Crystal structure of Group 3 Oligosaccharide/Monosaccharide-releasing beta-N-acetylgalactosaminidase NgaDssm in complex with GalNAc-thiazoline ;
关键词 keywords	Glycoside hydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.68 Å
零角强度 I(0) i0	61237700.00
分子量 molecular_weight	61358.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76869 Å³
包络体积 envelope_volume	91765 Å³
水化壳体积 shell_volume	30668 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.4 Å
壳层 Rg shell_rg	32.28 Å
包络 Rg envelope_rg	25.24 Å
形状 Rg shape_rg	24.63 Å
总 Rg total_rg	25.66 Å
总原子数 total_atoms	4333
残基数 n_residues	529
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.3 Å
Rg (实空间) rg_real	25.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	61240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7561
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.393
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.118
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.618; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Oligosaccharide/Monosaccharide-releasing beta-N-acetylgalactosaminidase
分子量 formula_weight	62261.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4739

GPGKEDRILKVWTVDPLVKVFRDSEPVTTGQALAEVARGERATLQIVIRCAKPIQELHAKVGPLALGSNAKQVLESAPVRFVGYVPVDRPIPRPPKDQLRRPPADFPDPLLEEKTIAVDENQVQPIWVTVAVPTNTQPGLYQGSVHISGRVDGRQITTKVPVAIKVFDIEVGQSRLWVTNWFSMQSRHMKIAPEPDSQQYWALLSRYARNMSEHRQNVVLVSPLSLATFQLDKSSRMEVDFSRFDRWVRIFIAEGVIGRIEGGHLGGRSSDWESPFVVRIKELREGNIITKSVAPTSEEANQFYAQFLPALVNHLRDRGWLEKYAQHLADEPVRTNIESYRAISKLVRKYAPELKIIEACHTKDLAGAIDVWVPQLNFLHNDFEHYQKRQRAGDEVWFYTCIYPQGEYANRFIEQPLLKTRLLHWINYRYGMTGYLHWGYNQWGKDSPFTHTTKQHTGQQYLPAGDPWIVYPGRDGPLDSIRHEAMCDGIADYELLSMLGERDPEAAKRLVNRHVLDFDRYNCNVEAFRATRLELLELLSRQ

来源 Source

来源生物 organism	metagenome
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	256318
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	(3aR,5R,6R,7R,7aR)-5-(hydroxymethyl)-2-methyl-5,6,7,7a-tetrahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol
分子量 formula_weight	219.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	401

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.537 Å
晶胞边长 b length_b	53.537 Å
晶胞边长 c length_c	428.292 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	47.930 Å
R 因子 r_factor	0.1774
R_work r_work	0.1759
R_free r_free	0.2058

fit	/app/data/saxs_computation/k2/8k2k/8k2k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k2/8k2k/8k2k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k2/8k2k/8k2k.dat