8k4u

Structure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed with bat ACE2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 103.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k4u
沉积日期 deposition_date	2023-07-20
结构标题 title	Structure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed with bat ACE2
关键词 keywords	BtKY72 RBD ACE2 bat, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.92 Å
零角强度 I(0) i0	126560000.00
分子量 molecular_weight	89645.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112050 Å³
包络体积 envelope_volume	142120 Å³
水化壳体积 shell_volume	40043 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.84 Å
包络 Rg envelope_rg	30.09 Å
形状 Rg shape_rg	29.91 Å
总 Rg total_rg	30.57 Å
总原子数 total_atoms	6323
残基数 n_residues	778
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	126600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8617
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.466
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.091
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.770; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.906

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	BtKY72
分子量 formula_weight	25514.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6323

RVSPSTEVVRFPNITNLCPFGQVFNASNFPSVYAWERLRISDCVADYAVLYNSSSSFSTFKCYGVSPTKLNDLCFSSVYADYFVVKGDDVRQIAPAQTGVIADYNYKLPDDFTGCVLAWNTNSVDSKSGNNFYYRLFRHGKIKPYERDISNVLYNSAGGTCSSISQLGCYEPLKSYGFTPTVGVGYQPYRVVVLSFELLNAPATVCGPKKSTELVKNKCVNFHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	694009
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	ACE2
分子量 formula_weight	69443.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

STPEDLAKTFLDDFNSAAENLSYQSSLASWEYNTNISDENIQKMDEAGAKWSDFYETQSKHAKNFSLEEIHNDTVKLQLQILQQSGSPVLSEDKSKRLNSILNAMSTIYSTGKVCRPNNPQECLLLEPGLDNIMGTSKDYNERLWAWEGWRAEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARGYHYEDYGDYWRRDYETEGSPDLEYSRDQLTKDVERIFAEIKPLYEQLHAYVRAKLMDTYPFHISPTGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYPLTVPFGQKPNIDVTDAMLNQTWDAKRIFKEAEKFFVSIGLPHMTEGFWNNSMLTDPGDGRKVVCHPTAWDLGKGDFRIKMCTKVTMEDFLTAHHEMGHIQYDMAYASQPYLLRNGANEGFHEAVGEVMSLSVATPKHLKTMGLLSPDFLEDNETEINFLFKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKEEWMTKWWEMKRKIVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVANDYSFIRYYTRTIFEFQFHEALCRIAKHDGPLHKCDISNSTDAGKKLHQMLSVGKSQPWTSVLKDFVDSKDMDVGPLLRYFEPLYTWLKEQNRNSFVGWNTDWSPHAD

来源 Source

来源生物 organism	Rhinolophus landeri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	519039
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1397414

fit	/app/data/saxs_computation/k4/8k4u/8k4u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k4/8k4u/8k4u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k4/8k4u/8k4u.dat

Structure of BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed with bat ACE2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)