8k5o

Cryo-EM structure of the RC-LH core comples from Halorhodospira halochloris

Method: ELECTRON MICROSCOPY

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

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P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k5o
沉积日期 deposition_date	2023-07-22
结构标题 title	Cryo-EM structure of the RC-LH core comples from Halorhodospira halochloris
关键词 keywords	RC-LH complex, HALORHODOSPIRA HALOCHLORIS, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (25)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	41612.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	38551

MDGRYLTRSLAVGALAAGFLVVAGCERPPFEQEQTGPRGTGMYVLDNPRILESRLDLHTAPEARPMASEDGERAGDVHENVQVLADLSDEQFWRIKEEMTDWVAGDEGCTYCHTDDLASDEKYQYRVSRDMIEMTRYLNANWADTHLTHSNEAGVTCYTCHRGEPIPPASWHSEEESGETRFMTGMGDLQLQNKISSKTAYTAFPRDALDTFLVGHEGELSIVGEGEGGLRTATTEGVSLREAYEAVGLMMHLSYSLDAGCTLCHNVSRWASWEDSPKERETAWHGIRMARDINVNWINPLIDEYPEDADVLGPTGDVGKVSCQTCHNKERRPLYGEEFLELYPELVGEPDPDFDYLQFGDLGTDLLKGVND

Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31115.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAMLDFERKYRVRGGTLLGGDLFDFWVGPFYVGFFGVTAIFCAVFGFLMIGLKAAISETWSIFQLVLAPPNLENGFALAPLDEGGLWQIVTACAIGAFVSWALREVEISRKLGIGYHIPFAFGVAISFFVLAQLGRPLLLGGWGHAFPYGIIAHLDWVNNVGYQNLHYHYHWAHMLGCSLFFATSFALALHGGLILSVTNPKKGEVVKTAEHENTFFRDFVGYSIGSLGIHRLGLALALSTSISCIFGILTTGPFWSRGWPEWWYTWWPQIPIWNWGVS

Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	36221.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAEYQNVFTRVQVRGPAEQGLEVPGGSWNRVGRPRFSYLLGKIGDAQVGPIYLGATGVVASLGFLIFCLMVGFNWLAAVDWSVREVFRQFWWLAVEVPPPEYGLRIPPFNDGGWFLWGLAICSLSLLMWWARTYIRARALGLGTHVAWAFAAALWFYFIITIIRPVAIGSWDESLPIGMFAHLDWLVAISERYGNFYYNPFHMLSIAFCFGSALLFAAHGATILATGRYNSEREIEQITDRGTGSERAALFWRWTMGFNATMESIHRWGYWMAILVPLVASIGLFLSGTVIESWYEWGLKHNLVPIYEELSDPARNPAAQ

Entity 4 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center H subunit
分子量 formula_weight	31293.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MEAFYPMGIARFDWGIWAVIFFFVFLAGLIVYCRREDKREGYPLISDPNDKYGAPRLVSGTIPRVPKPKTFLLRDGRTIQVPRQEKVEWDRNYKLEAQPTAPWPGSPLEPIGNPMKAAIGPGAYAKREDKPELTWHNKQKIVPMRIATEYYVVEDDPDLRGAPVVGLCGGQGGRVRDIWVDRSECRIMYYEVEISPHTSGKDSVLLPQCFARETRRMDGVWEIRVNSITAEQFRDVPRLSNPDQITPQEEDMVCAYYGAGTLYAVPGRTEPFLP

Entity 5 polymer

描述 description	Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
分子量 formula_weight	12053.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MANDIRPLRDFTDEEAQEFHQAAVQSFFLYVAVAFVAHLLVWAWRPFWPPEQGYRLEDFAPEEIRTDSFYSDFLPTTSWNSVTEGVNSLAAQLSTVVHYIAPFAG

Entity 6 polymer

描述 description	Light-harvesting LHI
分子量 formula_weight	7562.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MWRIWKVFDPRRILIATALWLIIISLTIHVILMTTERFNWLQGAPAAEYYSEVVEDGAALSPRLV

Entity 7 polymer

描述 description	Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
分子量 formula_weight	7696.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	w,Y,b,k,n,t,z,6,F,K,P,S,V,e,h,q

MWKLWKFVDFRMTAVGFHLFFALLAFAVHFACISSERFNWLEGAPAAEYYMDEDPGIWKRTSYDG

Entity 8 polymer

描述 description	Beta subunit of light-harvesting 1
分子量 formula_weight	9555.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	x,Z,c,l,o,u,1,7,G,N,Q,T,W,f,i,r

MTDIRTGLTDEECQEIHEMNMLGMHAYWSIGLIANALAYAWRPFHQGRAGNRLEDHAPDYVRSALTSVQEQASSVTAAVQQTPMVG

Entity 9 polymer

描述 description	Gamma subunit of light-harvesting 1
分子量 formula_weight	3123.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	v,X,a,j,m,s,y,5,8,I,O,R,U,d,g,p

MGDAGIVVAVLVILAILGWPNISSTLRRW

Entity 10 polymer

描述 description	reaction center small polypeptide
分子量 formula_weight	3531.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MTGEAVWLIWFMAALALIGGALPIVVKWWRE

Entity 11 polymer

描述 description	reactin center small polypeptide
分子量 formula_weight	3762.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	9

MEGHMDVVDISWLVTLAVLALLAGAYPVFKRWR

Entity 12 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 13 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	50

Entity 14 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 15 non-polymer

描述 description	Trans-Geranyl Bacteriochlorophyll B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	54

Entity 16 non-polymer

描述 description	Trans-Geranyl Bacteriopheophytin B
分子量 formula_weight	885.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	Ubiquinone-8
分子量 formula_weight	727.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 18 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
分子量 formula_weight	909.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	57

Entity 19 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 20 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE 8
分子量 formula_weight	717.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 21 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 22 non-polymer

描述 description	LYCOPENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 23 non-polymer

描述 description	Trans-Geranyl 8-vinyl-bacteriochlorophyll B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 24 non-polymer

描述 description	DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 25 non-polymer

描述 description	2-O-octyl-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.42 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	353518

Cryo-EM structure of the RC-LH core comples from Halorhodospira halochloris

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (25)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (0)