8k69

Cryo-EM structure of Oryza sativa HKT2;2/1 at 2.3 angstrom

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 98.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k69
沉积日期 deposition_date	2023-07-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of Oryza sativa HKT2;2/1 at 2.3 angstrom
关键词 keywords	HKT, K+ transporter, Channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.96 Å
零角强度 I(0) i0	132478000.00
分子量 molecular_weight	107890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	141970 Å³
包络体积 envelope_volume	169600 Å³
水化壳体积 shell_volume	44742 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.71 Å
包络 Rg envelope_rg	31.09 Å
形状 Rg shape_rg	30.95 Å
总 Rg total_rg	31.76 Å
总原子数 total_atoms	7612
残基数 n_residues	916
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8980
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.460
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.842

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Cation transporter HKT2;2
分子量 formula_weight	60773.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7744

MADYKDDDDKGGRMTSIYQEFIHTKCQSFRSIGRYVLHSIVLIYRFVSLHVHPFWIQLSYFLLISILGSVLLMFLKPSSPEFKPGYIDMLFLSTSAMTVSGLSTIEMEVLSSSQIVVLTLLMLVGGEVFVSFLGLMLRLKHKHNPEFSGDRVSSVPIELDTIEPTRTVMSSEELQIEAAVPDVPSSTIKDLKRSKRLRWFLGFVVFSYFVVIHVVGFLLVLWYISRVSSAKAPLKKKGINIALFSFSVTVSSFANGGLVPTNENMAIFSKNPGLLLLFIGQILAGNTLYPLFLRILIWFLGKVTKLKDLKLMIKNSDELQYDYLLPKLPTAFLASTVIGLMASLVTLFGAVDWNSSVFDGLSSYQKIINALFMAVNARHSGENSIDCSLIAPAVLVLFIILMYLPPSTTFALSNGDEKTANKKAKRKLGLVVQNLAFSQLACISVFVIVAFITERSRLRNDPLNFSALNMIFEIISAYGNVGLSTGYSCSRLQKLHPGSICQDKPYSLSGWWSDEGKLLLVFVMLYGRLKAFTKGTGEYWRLW

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa subsp. indica
通用名 common_name	Rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39946
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	Phosphatidylinositol
分子量 formula_weight	887.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	639952

fit	/app/data/saxs_computation/k6/8k69/8k69.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k6/8k69/8k69.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k6/8k69/8k69.dat